Все верно: раздельно, с запятой.
Верно: Я был на озере Байкал. Названия озер не склоняются в сочетании с родовым словом озеро. Исключение составляют случаи, когда топоним выражен прилагательным: на Онежском озере.
Во второй части на месте пропущенного сказуемого нужно поставить тире: Он называл меня крошкой, а я его — любимым.
Эта ситуация противоречивая. По основному правилу о знаках на стыке союзов возможность перестановки придаточной части дает повод ставить запятую между союзами: ...но, как этого добиться, я не знал (ср. ...но я не знал, как этого добиться). Д. Э. Розенталь показал особый случай отступления от основного правила, когда союз и присоединяет целое сложноподчиненное предложение: Он давно уже уехал, и где он теперь, никто не знает. Полагаем, что такая пунктуация возможна и в Вашем предложении.
Да, такое употребление за рамками нормы.
По структуре это сложноподчиненное предложение. Можно предположить, что сочетание знать как лучше относится к неразложимым (например: хватать что подвернётся, явиться как ни в чём не бывало, добиваться во что бы то ни стало). Однако в справочниках по пунктуации оно не упоминается, в практике письма запятая ставится.
Да, всё верно.
Верно: Уже тогда я понимал, что стандартным, привычным для всех путем ничего не добиться.
В русском языке имя Юханна (как мужское, так и женское) склоняется.
Да, запятую надо поставить.