Запятая не ставится.

Запятая нужна. Это сложноподчиненное предложение, запятая ставится между его частями.

Запятая не ставится, поскольку сравнительный оборот входит в состав сказуемого.

Порядок слов однозначно указывает на то, что обстоятельство во вторник относится только к первой части я приеду.

Наиболее корректные варианты оформления предложения таковы: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, (например, непосредственно или через трансмиссию) или Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования – например, непосредственно или через трансмиссию.

Также возможно без запятой после например: Здесь установлен двигатель, который соединен с системой манипулирования, например непосредственно или через трансмиссию. 

Переходный глагол предотвращать управляет зависимым словом в форме винительного падежа: предотвращать опасность, предотвратить негативные последствия, предотвратить аварию. Зависимое слово обозначает нечто нежелательное, угрожающее кому- или чему-либо. Эта грамматическая норма предопределяет истолкование словосочетания предотвращать лопату. Но едва ли автор собирался сообщать о том, что усиленная планка защищает лопату от лопаты же. Как можно полагать, речь идет о том, что усиленная планка предотвращает повреждение и износ лопаты.

Здесь деепричастие в составе определительной придаточной части имеет в качестве зависимого слова союзное слово который, а в таких случаях запятая после деепричастного оборота не нужна (см. пункт 4 параграфа 71 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). 

Обстоятельство после создания альтернативной дороги нужно обособить: оно поясняет обстоятельство в 2014 году. Перед союзом и запятая будет не нужна, если ученым удалось полностью раскрыть мозаику в 2014 году (когда работы были возобновлены), и нужна, если это произошло позже (работы могли вестись не только в течение 2014 года).

Слитно пишется наречие вначале, его обычно можно заменить на «сначала», «сперва», «в первое время», ср.: вначале (= в первое время) работа шла трудно; вначале (=сперва) скажи, а потом — бей. Пишется раздельно сочетание предлога в и существительного начало, которое управляет другим существительным: в начале (чего?) года, рассказа; в начале начал. Раздельное написание в сочетании в начале было Слово нужно запомнить.

Крректно слитное написание: Готовая рукопись так и осталась неопубликованной, затерявшись на чердаке дома. Неопубликованной – это отглагольное прилагательное.