Наречное выражение в конечном счете не требует выделения знаками препинания.
Медвежий угол - захолустное, отдаленное, глухое место. Ваша трактовка этого выражения верна.
Общеупотребительно выражение спаренный телефон.
См. в Словаре трудностей.
Встать с левой (не с той) ноги – быть в плохом настроении, в раздраженном состоянии. У многих народов существует поверье, что встать с постели левой ногой – значит провести дурной день. Понятия о правом и левом издавна соединялись с понятием добра и зла.
Выражение некорректно, можно заменить на наиболее приемлемый (с несколько иным значением) или принятый большинством.
Переливать из пустого в порожнее - заниматься никчемным делом, пустой болтовней и т. п.
В научном тексте оба выражения возможны, однако следует различать выражения по смыслу. В наречном значении 'в окончательном итоге, в завершение' выражения синонимичны. В значении вводного употребляется только в конце концов.
Рекомендуем склонять как неодушевленное.