Правильно: Николя-Жак Конте.
Имя не склоняется.
В словарях ударений слово скрипт пока не зафиксировано. Но в некоторых толковых и орфографических словарях отмечается, что ударение в формах этого существительного должно сохраняться на основе (скрИпта, скрИпту). По Зализняку это та же модель, что и у слова завод. Ей же соответствуют другие слова мужского рода, оканчивающиеся на пт, например: рескрипт, манускрипт.
Да, используются две прописные буквы.
Правильно: ...менеджера Петрова Николая Николаевича.
Есть только слово обечайка:
ОБЕЧАЙКА, -и; мн. род. -чаек, дат. -чайкам; ж.
1. Спец.
Боковая часть корпуса музыкальных инструментов (скрипки, виолончели, альта, гитары, барабана и т.п.). О. гитары. О. скрипки. Фигурная, коническая о.
2. Техн.
Конический или цилиндрический барабан без днищ из листового материала; заготовка для котлов, резервуаров и т. п.
Запятые не требуются.
Сомнения вызывает оборот Начиная Михаилом Фёдоровичем и заканчивая расстрелом (начало периода обозначается именем человека, а финал — событием). Возможно, будет лучше сказать: С начала правления Михаила Федоровича и до расстрела Николая II...
Корректно: Милины. Орфографический вариант суффикса притяжательных прилагательных прилагательных -ын- пишется только после ц. В остальных случаях пишется -ин- или (после т, р, ж) -нин-. Ср.: Валя — Валин, Никола — Николин, Людмила — Людмилин.
Не обособляются определения нераспространенные и с зависимыми словами, стоящие после отрицательных местоимений. Поэтому указанная запятая не требуется.