МОЛ, частица

Указывает на то, что говорящий передает чужие слова, чужое мнение или приводит свои слова, сказанные в другое время. Обособляется, сближаясь по значению с вводными словами, указывающими на источник сообщения. 

Ей бы попросить смирненько: так и так, мол, сделайте божескую милость, – а она тут по-своему... В. Короленко, Чудная. Из-за холмов неожиданно показалось пепельно-седое кудрявое облако. Оно переглянулось со степью – я, мол, готово – и нахмурилось. А. Чехов, Степь. Человек объявляет вам, и таким спокойным голосом: «Я, мол, намерен жениться»… И. Тургенев, Вешние воды. 

Нужно либо поставить две запятые, обособив слово неглубоко, либо убрать запятую перед неглубоко. Правила допускают обособление обстоятельств, выраженных наречиями (с зависимыми словами или без них), для смыслового подчеркивания. 

Тире обычно не ставится, если подлежащее выражено личным местоимением, а сказуемое – формой именительного падежа существительного. Но при логическом подчеркивании тире всё-таки возможно (ср. у Маяковского: Я – гражданин Советского Союза). Решение о постановке тире принимает автор текста.

Верно: А что именно он сказал? 

Указательное слово ТО употребляется в сочетании с местоимением (союзным словом) ЧТО: Взять то, что плохо лежит (здесь ЧТО - подлежащее, местоимение).

Если ЧТО выступает в значении союза, то соотносительное слово к нему не требуется. Правильно: Я знаю, что... Он сказал, что...

Во-первых, вопрос о выделении корня по-разному решается при собственно морфемном и при словообразовательном анализе. А во-вторых, словообразовательный анализ может быть синхроническим и диахроническим, то есть его результаты зависят от того, рассматриваем ли мы язык в одну определенную эпоху или же анализируем изменения в нем на протяжении какого-то отрезка времени. Поэтому результат членения на морфемы может быть разным, и при этом во всех случаях правильным.

Главный лексикографический труд А. Н. Тихонова «Словообразовательный словарь русского языка» основан на синхроническом словообразовательном подходе, при котором корень приравнивается к непроизводной основе в современном языке. Исходя из того, что слово белорус семантически обособилось от слова белый, которое исторически являлось одним из производящих, непроизводная основа белорус- в этом словаре приравнивается к корню. Это результат применения синхронического словообразовательного анализа, результаты которого в ряде случаев были перенесены в «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова.

Необходимо отметить, что последовательное установление словообразовательных связей на синхроническом уровне во многих случаях является спорным. Например, слово великоросс А. Н. Тихонов рассматривает как сложное на том основании, что оно мотивировано устаревшим непроизводным словом росс, что не совсем корректно при синхроническом анализе.

При диахроническом словообразовательном анализе в слове белорус выделяются два корня (бел- и -рус) и соединительная гласная о; способ словообразования ― сложение.

Собственно морфемный анализ включает не только формо- и словообрзовательный анализ, но и членение по аналогии. При этом виде анализа непроизводные в синхроническом аспекте основы могут оказаться членимыми. Одним из примеров является слово белорус, которое включает два корня (бел- по аналогии с Белоозеро, белошвейка и т. п. и -рус по аналогии с рус-ист, рус-о-фил, угр-о-рус и т. п.) и соединительную гласную о-.

В «Морфемно-орфографическом словаре» собственно морфемное членение имеют многие сложные слова с первым корнем бел-, несмотря на то, что в их значении нет прямого соотношения со словом белый, например: бел-о-руч-к -а ‘тот, кто избегает физического труда, трудной или грязной работы’; бел-о-ус ‘травянистое растение семейства злаков с жёсткими щетиновидными листьями’ и др. То есть собственно морфемное членение в ряде случаев проводится вполне последовательно.

Основным словарем, отражающим морфемный состав слова, а не его словообразовательные связи, является «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой. Однако он содержит около 52 000 слов, практически в два раза меньше, чем «Морфемно-орфографический словарь» А. Н. Тихонова, так что не все слова в нем можно найти. Поэтому для анализа структуры слова прежде всего необходимо понимать принципы разных типов анализа.

Придаточное предложение нужно в любом случае закрыть запятой (см. примеры в параграфе 64.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

Запятые поставлены правильно.