Выражение (не)свежая сметана может употребляться как в значении "испорченная сметана", так и в значении "сметана, приготовленная, произведенная не в самое последнее время, непосредственно перед продажей". Однако стоит заметить, что при употреблении прилагательного во втором значении его следовало бы писать раздельно с не. 

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Существительное, непосредственно зависящее от глагола с отрицанием, может стоять в форме род. п., если в зависмости от глагола без отрицания оно употребляется в форме вин. п., например: не понял вопроса, не знал урока, не чувствовал боли. При слове никто в подлежащем родительный падеж обязателен: Никто не увидит продолжения.

Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения. В данном случае корректно: Вместо "Ты ничего не понимаешь!" примирительное "Давай разбираться вместе". Также можно поставить тире на месте сказуемого (перед словом примирительное).

Наличие восклицательного знака в прямой речи внутри слов автора не влияет на постановку двоеточия и выбор прописной буквы. В данном случае прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, поэтому правильным будет такое оформление: Я с громким возгласом «Получай!» выстрелила в него из водяного пистолета.

Определение накопившихся относится не непосредственно к существительному фактов, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию экспериментально доказанных фактов. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

В данном случае предлог уместен.

Управление в русском языке

Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения: Про нынешних тренеров редко говорят что-то вроде «А у него же нюх на игроков!», но Мирча Луческу точно входит в число футбольных гуру с особой интуицией.

Сергей, мы поправили ответ на вопрос № 235745. Надеемся, что этот ответ развеет Ваши сомнения.

Ответ на второй Ваш вопрос: в этом предложении есть основания и для постановки знака, и для непостановки (знак не требуется, если первое определение относится не к определяемому слову непосредственно, а к сочетанию определяемого слова со вторым определением).