Полагаем, что здесь нет переноса: слово устроить употреблено в своем прямом значении ‘подготовить’, ‘обеспечить функционирование чего-либо’.
Корректно: От вопроса ефрейтора Бянкина Саня сморщился, словно он проглотил горсть клюквы, и стал доказывать, что он(,) как командир(,) ничего для них не жалел и не пожалеет, и что скоро вместе в бой пойдут, и что сердиться на него совершенно глупо, так как экипаж — одна семья.
Возможность выделения запятыми оборота как командир зависит от более широкого контекста: запятые нужны, если оборот имеет дополнительное обстоятельственное значение 'будучи командиром'.
Правильно: Кутафья башня, Кутафьей башни, Кутафьей башне, Кутафью башню, Кутафьей башней, о Кутафьей башне.
В последней по времени академической грамматике русского языка (Русская грамматика, в двух томах, 1980) есть только очень краткий и неполный перечень глаголов, способных служить модальной связкой составного глагольного сказуемого (слова категории состояния, или предикативы, которые перечисляются вместе с ними, опускаем): может, хочет, желает, следует (в знач. ‘надо’), (не) годится (в знач. ‘не следует’), надлежит, подобает (т. 2, с. 215). Очевидно, что здесь же должны быть названы такие глаголы, как стоить (Тебе стоит показаться врачу), любить (Вася любит собирать грибы) и многие, многие другие. Закрытого списка подобных глаголов не только нет, но и быть не может, потому что часто в этом качестве используются глаголы в переносном значении, изначально не предназначенные для этой функции, — например, счесть в сочетании счесть за лучшее (Вася счел за лучшее смолчать).
Критерием для идентификации глагола в роли модальной связки составного глагольного сказуемого служит контекстуальная синонимия: например, счел за лучшее в конечном счете означает ‘пожелал’, любит собирать означает ‘(всегда) желает собирать’.
Стоит заметить, что модальных глаголов в том смысле этого термина, в котором он применяется к английским (например) модальным глаголам, в русском языке нет: если английский модальный глагол и обычный глагол сочетаются с инфинитивом по-разному (He can swim — He likes to swim), то у русских «модальных» глаголов таких особенностей нет.
Запятая, поставленная Вами после вводных слов, нужна. Другие запятые не нужны.
Составные порядковые числительные не являются синтаксическими конструкциями. Это единые именования, синтаксических связей внутри них нет.
В разговорных речениях типа тети-Катин разумнее всего видеть также единые наименования. В параграфе 129 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2008), регламентирующем дефисные написания прилагательных, читаем:
«3. [Пишутся через дефис] Прилагательные, образованные от сочетаний имени и фамилии, имени и прозвища, напр.: вальтер-скоттовский (Вальтер Скотт), жюль-верновский, ромен-роллановский, робин-гудовский, чайльд-гарольдовский, козьма-прутковский, чарли-чаплинский, а также прилагательные типа дяди-Стёпин, тёти-Валин...»
Соответственно, о синтаксических связях внутри таких прилагательных говорить также не приходится.
Что же касается именительного падежа и его конкуренции с творительным в тех случаях, когда существительное является именным компонентом сказуемого, ни о каком управлении или примыкании и, шире, ни о какой подчинительной связи говорить не приходится. Маркирование именного компонента сказуемого возможно как именительным, так и творительным падежом. При этом в зависимости от типа связки и даже от конкретной связки предпочтителен или именительный, или творительный падеж. В конструкциях именования предпочтителен как раз именительный падеж.
Служебные элементы (артикли, предлоги) ван, да, де, ле и т. п., входящие в состав иноязычных фамилий, пишутся со строчной буквы: Р. ле Вин; Т. де Фрэнк; K. ван Вормер. С прописной буквы эти элементы пишутся по традиции лишь в некоторых личных именах (Ван Гог, Шарль Де Костер). Проверять следует по орфографическому словарю.
Сочетание часовая башня со значением 'башня с часами' существует и широко употребляется.