Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Тире ставится.

О написании части социально подробно написано в информационно поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря»:

социа́льно слитно/дефисно/раздельно:
1) пишется через дефис как первая часть сложных прилагательных с суфф., несмотря на подчинительное отношение основ, в сочетании со второй частью – относительным прилагательным, напр.: социально-гуманитарный, социально-культурный, социально-политический, социально-правовой, социально-утопический, социально-экономический § 51;
2) пишется раздельно в сочетании со второй частью – качественным прилагательным, напр.: социально активный, социально значимый, социально нетипичный, социально однородный, социально полезный, социально опасный, социально разнородный, социально успешный, социально чуждый § 51;
3) пишется раздельно с прилагательным-причастием, напр.: социально закрепленный, социально незащищенный, социально обусловленный, социально окрашенный, социально осознанный, социально ориентированный § 51.

1. Раковины тек-тек, крабы тру-лу-лу, пиво «Сейбрью».

2. Креветки медведки.

3. Род. падеж — (от) Сейшел. 

По правилам эти и подобные названия пишутся с тире: «План побега – 3» и «Собачья жизнь – 2» (если название состоит из одного слова, то с дефисом: «Терминатор-2».

Корректная пунктуация: Пора мыслить как в передовых компаниях. Нет собак в точности таких же, как ты. Работа интересная. Не скажу, легкая или трудная, но...

Да, выделяется. Это вводное слово.

В подавляющем большинстве словарей и справочников слова эбулиоскопия и эбулиоскоп пишутся с одной л. Поэтому мы рекомендуем такое написание: эбулиоскопический.

В обоих предложениях указанные запятые не требуются.

Между сокращением и номером пункта не хватает пробела: п. 3.3. Сокращение км пишется без точки.