Формально это тавтология, но поскольку речевой ошибки нет, то и тавтологией считать указанный пример не следует. 

Однозначный ответ на Ваш вопрос дать сложно. Местоимения 3-го лица он, она корректно употреблять, когда речь идет о лице, не участвующем в разговоре, отсутствующем (это не является признаком неуважения к человеку). Но не тогда, когда человек принимает участие в разговоре. Вот что написано в «Словаре русского речевого этикета» А. Г. Балакая: Употребление местоимения он, она по отношению к собеседникам, без предварительного называния их по имени (имени-отчеству) считается невежливым: говорящий как бы исключает собеседника из общения, демонстрируя тем самым неуважительное к нему отношение.

Так что вопрос заключается вот в чем: можно ли считать Вашу коллегу отсутствующей при разговоре? С одной стороны – да, когда Вы просили коллегу передать ей что-то, то этот разговор шел только между вами двумя, а она находилась в другой комнате и к данному диалогу отношения не имела. А следовательно, формально правила этикета Вы не нарушили. С другой стороны, слыша Ваш голос в телефонной трубке, она «виртуально» все-таки присутствовала при разговоре, поэтому формально у нее был повод обидеться на Вас.

Да, слова наконец и наконец-то в данном случае обособлять не нужно.

Корректно: Часть заданий была полностью обработана.  

Можно попробовать поискать замену: обусловленных, связанных...

Указанная запятая нужна, она закрывает сравнительный оборот.

Предпочтительно: Его нездоровая бледность — это было первое, что бросалось в глаза. Также возможен вариант: Его нездоровая бледность была первым, что бросалось в глаза.

Предложение корректно. Кавычки уместны.

Запятая не ставится, определительный оборот тесно примыкает к местоимению всем.

Здесь можно усмотреть отношения логического обоснования: автор считает, что «особое внимание ученых было уделено исследованию роли культуры в процессе обучения», потому что «данный аспект рассматривался с разных сторон (Иванов, Смирнов, Сидоров)».