Вы верно расставили знаки препинания в предложении.

Правильное написание слова масс-старт — через дефис. Слитное написание трех одинаковых согласных подряд не допускается правилами русской орфографии.

По правилам координации здесь действительно нужно тире вместо дефиса: клеточные линии — продуценты рекомбинантных белков. См. пункт 1 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Слово не содержится в нормативных словарях русского языка, но рекомендуем писать его слитно по аналогии со словами лонгборд и лонгрид, зафиксированных академическим орфографическим ресурсом «Академос».

Правописание приставки чрез- подчиняется общему правилу правописания приставок на з/с, см. § 82 «Правил русской орфографии и пунктуации». Приставки без-, вз-, воз-, из-, низ-, раз- (роз-), через- (чрез-) пишутся по особому правилу: перед буквами, передающими глухие согласные (к, п, с, т, ф, х, ц, ч, ш, щ), в них пишется буква с, а в остальных случаях — буква з, напр.: череззерница, чрезмерный.

Наречие как-то пишется слитно: Как-то летом на рассвете заглянул в соседний сад... Союз как то перед перечислением пишется раздельно: Для школьников были закуплены канцтовары, как то: ручки, тетради, карандаши.

Раньше, действительно, союз как то перед перечислением рекомендовалось писать через дефис, что и отмечено в справочниках Д. Э. Розенталя, толковых словарях и других источниках. Однако дефисное написание не соответствует современной норме письма. Раздельное написание союза как то перед перечислением зафиксировано «Русским орфографическим словарем» (см. 1-е издание, М., 1999, и все последующие), полным академическим справочником «Правила русской орфографии и пунктуации» (М., 2006).

Корректно: ...грубым — скорее всего, из-за курения — голосом спросил...

Знак препинания между именем и стоящим перед ним приложением не ставится: Твоя дочь Ксения.

Нет, здесь другое правило. Буква о пишется в суффиксе имен существительных -онк-: книжонка, ручонка, рубашонка, распашонка.