Это специфическая бессоюзная конструкция, подобная той, которая рассматривалась в вопросе 310962. 

По правилам в наименованиях с большой буквы пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Правильно: корабль «Черная жемчужина», шхуна «Полярная звезда».

Никаких отклонений от норм в этом предложении не наблюдается. Количество деепричастных оборотов нормой не регламентируется, оно ограничено только здравым смыслом: если перегрузить предложение, скажем, десятком деепричастных оборотов, оно будет плохо восприниматься или вообще не будет восприниматься. Но это относится не только к деепричастным оборотам.

Единственное, к чему можно (при очень большом желании) придраться, — это вид второго деепричастия. Сказуемое в предложении выражено глаголом несовершенного вида (обозначается длительный процесс), а оба деепричастия — совершенного вида. Первое из них воспринимается как обозначение действия, предшествовавшего основному (сначала затаил дыхание, затем наблюдает). Второе, поскольку оно тоже совершенного вида, также воспринимается как обозначение предшествовавшего действия: отметил и наблюдает. Но в таком случае не вполне логично то, что оно находится после основного сказуемого: должно бы тоже предшествовать. Позиция второго деепричастия объясняется тем, что ему подчинено изъяснительное придаточное, в котором заключен смысл, ради выражения которого в значительной мере написано и все предложение. Если переместить деепричастие вместе с придаточным в позицию слева от основного сказуемого, предложение станет читаться значительно хуже, а акцент на смысле придаточного пропадет. А оторвать придаточное от деепричастия не получится.

Раз второе деепричастие должно находиться все-таки справа от основного сказуемого. ближе к концу главной части, оно должно было бы обозначать действие, происходящее одновременно с основным; но в таком случае оно должно было бы иметь несовершенный вид (ср. с другим глаголом: ...наблюдал за серым зайчиком, удивляясь про себя тому, что даже зверек...). Однако удивляться можно продолжительное время, а отмечать про себя (что-то одно, и без значения повтора) — нет. В итоге автор предложения остановился на данном варианте — по-видимому, проигнорировав получившуюся шероховатость.

Верно: отсчет чего (в данном случае - отсчет дней войны).

Указанные запятые нужны, так как связанных с непредставлением ему сведений о составных частях его денежного довольствия - это причастный оборот, стоящий после определяемого слова действий.

Если в сложном предложении перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, запятая не ставится. Так что указанная запятая не нужна.

Если между однородными подлежащими стоит присоединительный союз (а также), то сказуемое согласуется с ближайшим подлежащим: На диване сидит ребенок, а также взрослые.

Пробел не ставится, а вот точка ставится после каждой цифры. Правильно так:

1.
1.1.
1.1.1.
1.1.2.
1.2.
2.