Можно заключить этот фрагмент в скобки.

Многоточие уместно поставить в конце того предложения, которое выражает незаконченную мысль. Предложение, подводящее итог, можно вынести в отдельный абзац.

Эта теория в общем и целом неверна.

ВЕСТА, -ы; ж. [лат. Vesta] [с прописной буквы] В древнеримской мифологии:
богиня домашнего очага и огня (соответствует древнегреческой Гестии).

Варианты различаются по смыслу. Сравните: с целью повышения контроля... за процессами, выработкой и с целью (какой) повышения контроля, (и с какой еще целью) выработки... 

Обратите, пожалуйста, внимание на правильное написание слова преамбула.

Корректно: о тридцати тысячах счетов, но о двадцати тысячах ста счетах. Ответ № 235507 исправлен.

Правило таково: запятая между определениями ставится, если второе из них поясняет первое (между ними можно вставить союз то есть или а именно).  В данном случае определение две тысячи двадцать пятого поясняет определение нового: нового, а именно две тысячи двадцать пятого года. Если запятую не поставить, получится, что был еще и какой-то «старый 2025 год», а теперь будет «новый 2025 год».

После второго определения запятая уже не нужна: Накануне нового, 2025-го корреспондент спросил Ирину П. о подарках уходящего года. Ответ на вопрос № 232336 исправлен.

Запятая нужна, так как частица только относится не к придаточной части когда дошло до пристанища, а к последующей главной. В этом можно убедиться, переставив придаточную часть: Или привечали Богодула в Матёре больше, или по другой какой причине приглянулся ему остров, но только Богодул, когда дошло до пристанища, выбрал Матёру.

В третьем предложении из приведенных Вами частица только также стоит между союзом но и словом когда, но она относится к придаточной части. Перестановка придаточной части ведет к искажению смысла. Ср.: Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте, мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор и Приписать отрывку какой-то смысл очень легко, но только мы сможем по-настоящему понять, что хотел сказать автор, когда мы рассмотрим его в непосредственном контексте. 

В двух других примерах перед частицей только нет союза. В них действуют такие правила.

1. Не ставится запятая между главной и следующей за ней придаточной частью сложноподчиненного предложения, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит отрицательная частица не. Ср.:  В море, в качке, спишь не когда хочешь, а когда можешь; Он знает не только где водится дичь, но и какие её разновидности там обитают.

2. Если перед подчинительным союзом стоят усилительные частицы как раз, только, лишь, исключительно и т. п., то запятая ставится перед ними вопреки интонации (при чтении пауза перед ними не делается). Ср.: Я эту работу выполню, только если буду свободен.

Здесь авторские слова, стоящие после прямой речи, представляют собой отдельное предложение. О таких случаях идет речь в примечании 2 к параграфу 48 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя.

Числа в цифровой форме делят пробелами на группы (по три цифры) справа налево. Технические правила набора дают указание разбивать на группы числа только начиная с 5-значных (см. Наборные и фотонаборные процессы, М., 1983, п. 2.3.9), а «Основные математические обозначения (СЭВ PC 2625—70)» не делают исключения и для 4-значных чисел.

Не разбиваются на группы цифры в числах, обозначающих номер (после знака номера), в марках машин и механизмов, в обозначениях нормативных документов (стандарты, техн. условия). Например: № 89954.

Точку в пробелах между цифровыми группами многозначного числа ставить запрещается.

(А. Э. Мильчин, Л. К. Чельцова, Справочник издателя и автора)