Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Географические названия славянского происхождения, оканчивающиеся на -ово, -ево, -ино, -ыно, в сочетании с родовым словом раньше склонялись («История села Горюхина»). Однако современной литературной норме такое склонение уже не соответствует. Правильно (в том числе в речи диктора): под селом Бородино.

Если приложение стоит перед определяемым словом и написано латиницей, оно, как правило, пишется через дефис, даже если это не технический термин (например, facebook-страница).

Когда Вы принимаете решение, писать приложение перед определяемым словом или после него, ориентируйтесь на практику употребления - как чаще пишут данные слова в авторитетных источниках. Правила по этому поводу нет. Например, в случае с NTFS предпочтительно писать: файловая система NTFS.

1. Названия, написанные латиницей, в русском языке обычно не заключаются в кавычки. Текст будет лучше восприниматься и скобки не понадобятся, если поменять порядок слов: Двойное остекление Cool Front на дверцах духовок препятствует теплопотере и предотвращает случайные ожоги.

2. Кавычки не нужны.

Корректно: возложить цветы к памятнику Петра. См. «Словарь трудностей».

Ответ на вопрос № 242663 поправили.

Дело в том, что начальная форма глагола ответишь - ответить, а инфинитив глагола отвечаешь - отвечать (соответственно, получить - получишь, получать - получаешь). На этих примерах названный Вами алгоритм работает, только нужно внимательнее относиться к виду глагола, не путать глаголы совершенного и несовершенного вида, образуя неопределенную форму и личные формы настоящего времени.

Единого универсального алгоритма для выбора строчной или прописной буквы в оформлении названий войн нет. Общие правила написания названий исторических эпох и событий, календарных периодов и праздников, общественных мероприятий можно посмотреть в «Правилах русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина. Для справки можно также использовать словарь «Прописная или строчная?» (В. В. Лопатин, И. В. Нечаева, Л. К. Чельцова).

Глаголы "присутствовать", "находиться" и "числиться" различаются в первую очередь смысловыми оттенками, в конечном счете выбирать Вам исходя из требуемого содержания. Если в Вашем случае нельзя избежать использования слов "в подведомственности", то следует просто руководствоваться толковым словарем. Обратите внимание на синонимические ряды (приводим синонимы только для актуальных значений): присутствовать = иметься, наличествовать; находиться = располагаться, быть, пребывать; числиться = "иметься у кого-либо или быть в каком-либо состоянии согласно записи, документу и т. п.". Просим также обратить внимание на то, что глагол "присутствовать" в указанном значении вполне корректно сочетается с неодушевленными существительными.

Кстати, сочетание "подразделение организации находится на территории, подведомственной определенному налоговому органу" кажется нам более удачным. Может быть, так и оставить?

Все просто: на взморье, на пограничье. В предложном падеже на -И оканчиваются только те существительные мужского и среднего рода с неодносложной основой, которые в им. п. оканчиваются на -ИЕ, ИЙ: о сидении, о гении (но: на сиденье). Исключение: в забытьи (с ударным И).