В академической «Русской грамматике» 1980 г. слово зато, наряду со словами ведь, иначе, поэтому и многими другими, отнесено к «аналогам союзов», которые могут выполнять союзную функцию. В параграфе 1673 читаем: «Многие из таких аналогов широко употребительны в качестве конкретизаторов при семантически недифференцированных союзах: и вдобавок, да еще, а значит, и наоборот, а потому, а следовательно, но зато, но только, или иначе». 

В таких случаях уместно поставить точку, что подтверждается и наблюдениями над практикой оформления подобных предложений.

В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Такая расстановка знаков препинания при парных группах однородных членов возможна.

По основному правилу знаки препинания в этом случае не требуются: Этот дар она унаследовала от своей мамы Натальи Васильевны.

В этом предложении не нужны запятые: А она знаешь что ему ответила?

В этом случае ставится запятая.

Точка не нужна.

Выбор знака остается за автором текста.

В сочетании с цифрами возможна такая пунктуация: Расходы учреждения, всего...; расходы учреждения (всего)...