В первом предложении то же надо писать раздельно. См. «Учебник Грамоты».

1. Корректно: Изменение запасов продуктов в результате истечения срока годности, перевода на центральный склад, отправки заказчику и пр.

2. Пунктуация зависит от смысла. Оборот без запятой в иной близкой по смыслу формулировке означает, что была дана близкая по смыслу формулировка, но есть и другая, тоже близкая по смыслу. Оборот с запятой содержит поясняющее определение и означает 'в иной, то есть близкой по смыслу формулировке'. 

3. Корректно написание слова федеральный со строчной буквы: Провести мероприятие поручено федеральному государственному бюджетному учреждению «ВНИИзолоторедька»; Для создания федеральной государственной информационной системы (ФГИС) «Учет неопознанных объектов» следует приобрести новейшее оборудование.

4. Лучше написать со строчной буквы: Автор: пресс-служба Минприроды России.

5.  Приведем правило. В сложносокращенных словах смешанного типа, образованных из инициальных аббревиатур и усеченных основ, инициальная часть обычно пишется прописными буквами, а усеченная — строчными, напр.: НИИхиммаш, ЦНИИчермет, ГлавАПУ, КамАЗ; однако: ГУЛАГ, СИЗО (следственный изолятор), ГОСТ (государственный общероссийский стандарт), РОСТА (Россий­ское телеграфное агентство), Днепрогэс. При этом составные на­звания, в которых за инициальной частью следует несокращенное слово (слова) в косвенном падеже, пишутся раздельно, напр.: НИИ газа, НИИ постоянного тока. 

По правилу нужно писать: ВНИИгеосистем, ВНИИокеангеологии. Однако в уставах организаций могут быть закреплены варианты названий, не соответствующие правилам. Такие названия придется воспроизводить в юридических документах. 

6. Корректно: В Дальневосточном федеральном округе, в Магаданской области, учтено шесть месторождений.

См. в «Горячих вопросах».

Вы ведете речь о смысловых, а точнее — логико-понятийных основаниях употребления сложных слов. Если такие основания считать «правилами», то можно их называть логико-понятийными.

Пунктуация зависит от того, является ли ну усилительной частицей или междометием. Различить их можно по смыслу, которы вкладывает автор, и интонации. Если после ну делается пауза, то в приведенных примерах это может быть междометием, то есть запятые стоит поставить.

Но при отсутствии паузы в первом и третьем предложениях ну может выступать и как усилительная частица — тогда запятая не ставится.

Запятую лучше не ставить. Общие рекомендации по обособлению оборотов с производными предлогами (в том числе в силу) Вы можете найти в "Справочнике по пунктуации".

Право, не знаем, как ответить на Ваш вопрос, кроме "потому что есть". Ср.: нелюбимая с какого времени (детство — точка отсчета); неразвитая (в значении "отсталая") — к какому времени (1990-е — точка результата). 

Корректно: В моём портфолио есть снимки на любой вкус — от художественных, на чёрном пляже в Исландии, до свадебных, в традиционных немецких костюмах где-то под Мюнхеном.

Вы двое — это целиком обращение, оно все отделяется запятой от последующего текста (запятая ставится после двое и не ставится после вы).

Тем не менее не требует выделения.