Функционально это заголовки.
Здесь действует следующее правило.
При двух или нескольких управляющих словах общее зависимое слово допустимо тогда, когда каждое из управляющих слов требует того же падежа и предлога, например: читать и конспектировать книгу; подбирать и готовить кадры.
Наличие общего зависимого слова при различном управлении нарушает стилистическую норму, например: «с помощью и в сотрудничестве с местными организациями» (ср. правильный вариант: с помощью местных организаций и в сотрудничестве с ними).
Поэтому в Вашем случае верно: управление системой и контроль над ней. О предлогах при слове контроль см. в вопросе 277510.
Запятая нужна, чтобы разделить части сложноподчиненного предложения.
Ваш вариант пунктуации возможен.
Запятая нужна: она отделяет придаточную часть сложноподчиненного предложения — в данном случае придаточное изъяснительное, зависящее от глагола понимаю.
Ваш вариант расстановки знаков верный.
В данном случае необходимо понимать, в какой функции и в каком значении употреблено слово ну. Оно фиксируется в словарях как междометие, выражающее определенные эмоции, и как частица. Междометие требует отделения запятой (часто оно вообще представляет собой отдельное высказывание), частица — не требует. См. параграф 108 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина.
Ограниченно работоспособное пишется раздельно, так как это словосочетание, состоящее из прилагательного и наречия: работоспособное (до какой степени?) ограниченно.
Правильно: в муниципальном образовательном учреждении «Эммаусская средняя общеобразовательная школа», расположенном по адресу... Согласование с родовым словом учреждение. Ср.: в кинотеатре «Победа», расположенном по адресу...
