Верно: по регионам (каким?) прилегающим. Причастие согласуется с существительным в роде, числе и падеже. Поскольку существительное стоит в форме множественного числа дательного падежа (регионам), то и причастие прилегающий также должно иметь форму множественного числа дательного падежа (прилегающим).

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три контрольные лампы. Но и вариант три контрольных лампы возможен, это не ошибка.

Верно: Они скачали 33 петабайта. Если числительное оканчивается на два, три, четыре и стоит в винительном падеже, то зависимое существительное должно стоять в форме родительного падежа единственного числа (вижу два стола, тридцать три стола, пятьдесят четыре стола).

Если определение (обычно обособленное) стоит после счетного оборота, то чаще оно ставится в форме именительного падежа множественного числа. Выделять слова как минимум не нужно. Верно: Мы здесь объединяем еще как минимум два разных вида, найденные у острова.

При существительных женского рода, зависящих от числительных два, три, четыре, определение, находящееся между числительным и существительным, чаще стоит в форме именительного падежа множественного числа: три большие кровати. Но и вариант три больших кровати возможен, это не ошибка.

Полностью доверять проверке правописания в Microsoft Word не следует. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, всецело полагаться на нее не стоит.

Проснуться утром — выражение ясное и понятное. Фраза проснуться обедом может быть истолкована двояко. Если двусмысленность не предполагается, то стоит предпочесть традиционные варианты извещения о времени действия: в обеденное время, в обеденный час, в часы обеда, в обед.

Из фамилий, заканчивающихся на гласную а, не склоняются такие, в которых а стоит после гласной (например, Моруа, Гулиа), и французские с ударным конечным гласным (например, Дюма, Ферма). Фамилия Черпита к этим группам не относится, значит должна склоняться. 

Запятая не нужна. Если в сложноподчиненном предложении перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и, или, либо, ни и т. д. (обычно повторяющийся), то запятая между главной и следующей за ней придаточной частью не ставится.