Дело в том, что правила переноса в основном содержат запреты; все возможные разрешенные переносы в них не описаны, да в этом и нет смысла. Перенос ую-том не нарушает ни одного из правил переноса, не подходит ни под один запрет. Следовательно, такой перенос не ошибочен. Конечно, идеальным его назвать нельзя:  таким переносом корень слова разбивается. Но выбора нет, никаким другим способом слово уютом перенести нельзя.

Ваша пунктуация верна. Снять неоднозначность поможет замена причастного оборота на придаточное предложение: Сотрудник Управления, который отвечает за сохранность продукции, выписываемой для продажи, а также его непосредственный руководитель несут ответственность...

В данном предложении подлежащее – ряд показателей. В состав этого подлежащего входит существительное со значением неопределенного множества ряд, другие подобные слова – большинство, меньшинство, часть. Сказуемое с подлежащим, включающим такие слова, может согласовываться и в единственном числе, и во множественном (ср.: Ряд сотрудников отдела заявили, что они не согласны с позицией администрации). На выбор формы сказуемого влияют различные условия. В приведенном предложении предпочтительна форма ед. числа, т. к. слово показатель обозначает неодушевленный предмет. См. подробнее: Ю. А. Бельчиков «Практическая стилистика современного русского языка» (М., 2012), глава «Согласование сказуемого с подлежащим».  

Правильно: Этого ни Петя, ни Маша не знали. Этого ни Маша, ни Петя не знали. На согласование сказуемого во множественном числе влияет принадлежность подлежащих к разному грамматическому роду.

Корректно: Меня окликнули, уже когда я почти вышел из комнаты.

Вопросы, которые Вы задаете, касаются такого раздела морфологии, как аспектология. Советуем Вам познакомиться с такими базовыми исследованиями по аспектологии, как «Вид и время русского глагола» А. В. Бондарко, «Очер­ки по ас­пек­то­ло­гии» Ю. С. Маслова, «Мно­го­знач­ность и си­но­ни­мия в ви­до-вре­менной сис­те­ме рус­ско­го гла­го­ла» М. Я. Гловинской. 

Вы совершенно правы. 

Между однородными определениями, не связанными союзами, ставится запятая. Определения являются однородными, если за одиночным определением следует определение, выраженное причастным оборотом: малоизвестные, расположенные на отшибе курганы; древняя, почерневшая от времени деревянная статуэтка; твёрдый, плохо выбритый подбородок (ср. при другом порядке слов: плохо выбритый твёрдый подбородок). Именно такой порядок определений наблюдается в приведенном Вами предложении: певучие, раскалённые князем-басурманом струны. 

Также должна быть поставлена запятая перед союзом и между двумя частями сложносочиненного предожения.

О нерусских фамилиях, относящихся к двум и более лицам, правомерна следующая рекомендация: возможно употребление фамилии как в единиственном, так и во множественном числе без какой-либо градации сопровождающих их слов на термины родства, имена, инициалы и т. п. Иначе говоря, корректны оба варианта: Баскуньян продали формулу крема и все наработки по муцину и Баскуньяны продали формулу крема и все наработки по муцину.