Полагаем, можно подчеркнуть, указав над буквой я, что она обозначает два звука, подчеркнув дополнительно [й]. Хотя рассуждать можно и иначе: задание — подчеркнуть буквы, обозначающие мягкие согласные звуки, а не буквы обозначающие два звука. Что имели в виду составители задания, трудно разгадать. 

Большая часть материалов старого сайта перенесена на новый, многое готовится к переносу. Если у Вас есть предложения, как улучшить сайт, пишите нам. Мы сейчас анализируем все конструктивные пожелания пользователей и работаем над улучшением навигации. Прежняя версия сайта некоторое время будет доступна. 

Кавычки не нужны. Значение глагола бить 'наносить поражение, побеждать; одерживать верх над кем-либо в чём-либо (обычно во время военных действий, спортивных состязаний, игр и т. п.)' зафиксировано словарями русского языка, оно не является необычным, непривычным и не требует постановки кавычек.

В этом предложении обстоятельство времени в одиннадцать часов вечера относится к первой части (автор мог решить выйти прогуляться и в момент остановки поезда, и позже — это не важно, важен сам факт такого решения), поэтому запятую перед союзом и нужно поставить.

Псевдоним – это вымышленное имя, которое человек берет себе сам. А прозвище человеку дают другие люди. Обычно и псевдонимы, и прозвища пишутся с прописной буквы (или, если слов несколько, пишется с прописной буквы только первое слово: Человек без селезенки, Брат моего брата – псевдонимы Чехова).

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: «Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь» (Полонский) и «Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу» (Фет).

Запятые нужны, а вот кавычки излишни. Ср. с примерами из «Справочника по пунктуации» Д. Э. Розенталя: Электронные лампы, или, как их правильнее называют, электровакуумные приборы, изготовляются разного назначения; Эту историю мне рассказал один писатель, или, как он сам предпочитает себя называть, новеллист.

В отличие от союза, союзное слово выполняет функцию члена предложения. Ср. употребление союзного слова что и омонимичного ему союза что: "Сам не знаю, за что я люблю тебя, ночь" (Полонский) и "Не отнеси к холодному бесстрастью, Что на тебя безмолвно я гляжу" (Фет).