Корректно: Заведующий кафедрой такой-то, председатель ОО "Инициатива" доктор математических наук, профессор Иван Петухов рассказал /.../. Обратите внимание: поставленные рядом должности, ученая степень, звание утяжеляют текст, поэтому предложение лучше перестроить.
Настоятель и иерей — неоднородные приложения к имени (должность и степень священства соответственно); обособление какого-либо из этих компонентов не требуется: Настоятель храма Ильи Пророка иерей Константин Воронов принял участие в торжественном событии.
Пишется слитно, так как это наречие, обозначающее меру, степень проявления чего-либо. На сколько — это сочетание предлога с числительным, допускающее последующее существительное в родительном падеже: На сколько дней приехали суровые челябинские мужики?
Слова растереть и истоптать не синонимы, однако однокоренные с ними глаголы могут входить в состав синонимичных образных выражений. Например, стереть в порошок и затоптать ногами в значении "жестоко, беспощадно расправиться с кем-либо".
В данном случае слово вовсе как раз подчеркивает утверждение, указывает на высокую степень проявления признака (ср.: совершенно, абсолютно неграмотным). Все-таки не вовсе неграмотным я приехал сюда = когда я приехал сюда, меня нельзя было назвать совершенно неграмотным.
Наименования ученых степеней и ученых званий выступают в общем ряду как однородные приложения. А должность и степень – неоднородные приложения. Поэтому первая запятая не нужна, вторая нужна: мы беседовали с заведующим такой-то кафедрой доктором математических наук, профессором Михаилом Ивановым.
На наш взгляд, нет ни лексико-семантических, ни понятийно-логических оснований для употребления прилагательного безапелляционный в форме сравнительной степени.
Слова казалось бы и конечно относятся к группе вводных слов, выражающих «оценку говорящим степени достоверности сообщаемого — уверенность, предположение, возможность, неуверенность и т. д.» (формулировка из параграфа 25.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя). Оценка чего-либо — часть отношения к чему-либо, поэтому характеристика слов казалось бы и конечно как выражающих «отношение говорящего к высказыванию» не ошибочна. Вместе с тем она неточна, поскольку «отношение говорящего к высказыванию» может выражаться вводными словами, указывающими не только на достоверность сообщаемого, но и на эмоции (к сожалению), способ выражения мысли (иными словами) и т. д.
От простой сравнительной степени прилагательного простая сравнительная степень наречия отличается синтаксической функцией: наречие бывает в предложении обстоятельством (Он прыгнул выше отца) или сказуемым безличного предложения (Стало теплее), а прилагательное выступает как сказуемое двусоставного предложения (Он выше отца) или как определение (Дай мне тарелку поменьше).
Слово потолок зафиксировано в словарях русского языка в значении 'предел, предельная степень чего-либо' (потолок цен, потолок зарплаты). Но такое употребление является разговорным. Поэтому, если текст допускает использование разговорных слов, кавычки можно не ставить. В противном случае кавычки уместны.
Об употреблении кавычек (и критериях их постановки/непостановки) см. в «Письмовнике».