Написано - сказано, указано. Не вполне понятно, в каком значении употреблено слово согласовывает (с кем согласовывает?).

Этимологическое гнездо — это совокупность слов, происходящих из одного корня в системе одного языка. Этимологическое гнездо называют также историческим корневым гнездом. Однако корневым гнездом могут называть и совокупность слов, объединенных общим корнем с точки зрения синхронного языкового среза.  

Вы написали верно: раздельно.

Поскольку сравнительный оборот здесь по смыслу тесно связан со сказуемым (сказуемое не выражает необходимого смысла без сравнительного оборота), мы рекомендуем не ставить запятую.

Речь о деле о хранении секретных документов — это так называемое эллиптическое предложение (самостоятельно употребляемое предложение с отсутствующим сказуемым). В таких предложениях при наличии паузы ставится тире, при отсутствии паузы знак не нужен.

Возможны оба варианта согласования.

Сочетание что греха таить обособляется: Мальчики не очень любят одеваться в праздничную одежду, да и, что греха таить, у нас ее не хватает на всех.

Правильно: Даррович, Дарровна. От имен, которые оканчиваются на безударный -а (если ему не предшествуют шипящие и ц), отчества образуются посредством присоединения суффиксов -ович, -овна. Конечный безударный гласный при этом опускается. См.: Суперанская А. В. Словарь русских личных имен. М., 2004. С. 463.

Отсутствие склонения части Ван в именовании Винсента Ван Гога объясняется тем, что Ван здесь — служебное слово. Согласно правилам орфографии служебные слова (артикли, предлоги и др.) ван, да, дас, де, делла, дель, дер, ди, дос, дю, ла, ле, фон и т. п., входящие в состав западноевропейских и южноамериканских фамилий, пишутся со строчной буквы, напр.: Людвиг ван Бетховен, Леонардо да Винчи, Оноре де Бальзак, Лопе де Вега, Альфред де Мюссе, Хуана Инес де ла Крус, Лукка делла Роббиа, Андреа дель Сарто, Роже Мартен дю Тар, Женни фон Вестфален, Макс фон дер Гоюн, Жанна д’Арк; Ортега-и-Гассет, Риего-и-Нуньес. Однако в некоторых личных именах служебные слова традиционно пишутся с прописной буквы (как правило, если прописная пишется в языке-источнике), напр.: Ван Гог, Д’Аламбер, Шарль Де Костер, Эдуардо Де Филиппо, Ди Витторио, Этьен Ла Боэси, Анри Луи Ле Шателье, Ле Корбюзье, Эль Греко, Дос Пассос.

Мы рекомендуем переформулировать вторую часть предложения, например: Данный свинокомплекс принадлежит к предприятиям I класса опасности, так как на нем единовременно содержится более 30 тысяч свиней, а I класс опасности присваивается уже при 12 тысячах.