Вы задаете очень интересный вопрос. Следует признать, что написание составных названий храмов, соборов, церквей, включающих в свой состав непереводимые иностранные служебные слова, части сан-, санта- и под., недостаточно урегулированы орфографическими правилами и словарями. В правилах говорится о дефисном написании названий с частями сан-, санта- и под., из чего можно сделать вывод о дефисном написании всего названия (Сан-Хуан-де-ла-Пенья), однако в примерах к правилу подобные многокомпонентные названия, к сожалению, не приводятся, что оставляет простор для интерпретаций. В словаре «Прописная или строчная?» (в котором, заметим, разрабатывалась проблема выбора буквенного регистра, а не слитного, раздельного, дефисного написания), мы находим разные написания (напр., Сан-Хуан-де-ла-Пенья и Санта-Мария де Регла). Безусловно, проблема требует изучения. Наша предварительная рекомендация — написать название собора через два дефиса (Сан-Джорджо-Маджоре). Эта форма будет соответствовать общему правилу о дефисном написании географических наименований и фиксации в «Большой российской энциклопедии». В орфографических словарях данное название не отмечается.

Большое спасибо за Ваш вопрос! Мы передадим его орфографистам Института русского языка РАН.

Слово планер зафиксировано нормативными словарями современного русского языка только в значении «безмоторный летательный аппарат тяжелее воздуха для планирующего или парящего полёта», так что написание существительного в значении «планировщик, ежедневник» приходится признать пока что не кодифицированным. 

Корректно: ...набор учащихся в 9-е классы или набор учащихся, окончивших 9-й класс.

Корректно слитное написание: Он вернул набор непишущих ручек и набор незаточенных карандашей. 

Запятая после "однако" не нужна. Предложение требует стилистической правки: "мусор, находящиеся" и "горюче-смазочные материалы и прочий мусор".

Спряжение — это набор личных окончаний, глагол мочь относится к первому спряжению, потому что набор личных окончаний этого глагола (мог-у, мож-ешь, мож-ет, мож-ем, мож-ете, мог-ут) соответствует первому спряжению.

Это словарные слова.

Мини-... – как первая часть сложных слов пишется через дефис, но: минивэн, минипьяно.

Макро... - первая часть сложных слов, пишется слитно.

Причем мини - из латыни, а макро - из греческого языка.

Такое употребление корректно. В "Большом толковом словаре" одно из значений слова аптека - набор лекарств для оказания первой медицинской помощи или несложного домашнего лечения; шкафчик, ящик, футляр для такого набора.

Соответственно, аптечка - небольшой набор такого типа.

В Вашем примере перемешаны названия марок и моделей автомобилей, что само по себе не вполне удачно. В рубрике "Письмовник" мы постарались обобщить рекомендации справочников по оформлению названий марок и моделей автомобилей на письме: http://gramota.ru/spravka/letters/?rub=kav2