Прекрасная идея! Правила орфографии и пунктуации не идеальны, но есть и хорошая новость: они за последние два-три столетия существенно улучшились (как раз благодаря названным Вами ученым-лингвистам). 

Однако знаки препинания - это инструменты письменной речи. Они помогают точнее воспроизвести речь звучащую (паузы, интонации, логическое членение и т. д.). А вот "дважды два" - не инструмент. Согласны? В хозяйстве разные инструменты нужны, и разные возможности их использования. Так и с запятыми: есть разные возможности (иногда один инструмент можно заменить другим, отвертку - шуруповертом), есть гибкие правила использования. 

Сравните с нотной записью: одну и ту же мелодию можно записать чуть по-разному.

Такое слово существует и даже фиксируется некоторыми словарями (например, «Толково-словообразовательным словарем» Т. Ф. Ефремовой). Но всё же общеупотребительным его назвать трудно. Чаще говорят и пишут наложить вето.

Правильно: на 88-м году жизни.

Запятую нужно поставить.

Верно: в помещении (каком?), находящемся... (форма находящимся отвечает на вопрос каким?). Правильность формы располагающегося в этом контексте оценить невозможно, так как не приведено определяемое слово.

Вы написали верно: В первой половине 1980-х годов экономический эффект от более чем 1000 [тысячи] научных проектов составил 97 миллионов рублей. Мы не уверены, что экономический эффект исчисляется в суммах, но это уже вопрос не к лингвистам, а к экономистам. 

Что Вы называете йотированными окончаниями в приведенных примерах?

Эти местоимения нельзя считать "окончаниями", однако они употреблены в соответствующем каждому существительному грамматическом роде и числе, при этом определенные закономерности в склонении существительных и местоимений действительно существуют (в современном русском языке эти закономерности легче проследить по полным прилагательным).

В русском языке, в отличие от английского, названия должностей пишутся со строчной буквы. Это правило распространяется и на случаи, когда название пишется на латинице.