В первых двух предложениях вместо тире и запятой следует поставить двоеточие: Я не сомневалась, что мне приснятся пораженные чумой города: когда я чем-то долго занималась, сны становились продолжением дневных занятий. Хорошо, что я защищен: не очень приятно ловить такие подарочки.

В третьем предложении запятая нужна: Нельзя утверждать, что уроки оказались бесполезными, – из них я вынес первые знания об анатомии.

Такого правила в справочниках по пунктуации нет. При этом вопрос вполне закономерен, потому что тире между частями сложноподчиненного предложения придает ему особую цельность. В связи с этим логично считать, что подчинительный союз так что присоединяет целое сложноподчиненное предложение если вы согласны — присоединяйтесь. Сравним пример с сочинительным союзом и, присоединяющим целое сложноподчиненное предложение (между частями которого, кстати сказать, вполне уместно поставить тире вместо запятой): Он давно уже уехал, и где он теперь, никто не знает (Д. Э. Розенталь. Справочник по русскому языку. Пунктуация. Параграф 36.3).

Да, можно.

Верно:  ...не затем столько лет боролись за свободу слова.

"Справка" не выполняет домашних заданий.

Согласны с Вами, логичнее рассматривать сказуемое как составное именное.

Созерцавшийся – действительное причастие прошедшего времени глагола созерцаться. Заметим, что в русском языке нередки случаи, когда невозможность образования страдательных причастий настоящего и прошедшего времени у переходных глаголов компенсируется регулярным образованием действительных причастий от соответствующих глаголов страдательного залога. Такие причастия, будучи по форме действительными, структурой основы выражают страдательность. Ср.: у глагола строить нет страдательного причастия прошедшего времени, но есть причастие строившийся (дом) от строиться.

Сочетание что греха таить обособляется: Мальчики не очень любят одеваться в праздничную одежду, да и, что греха таить, у нас ее не хватает на всех.