Предпочтительный вариант расстановки знаков препинания:

Мой предшественник П. Е. Щеголев кончает свой труд о дуэли и смерти Пушкина рядом соображений, почему высший свет, его представители ненавидели поэта и извергли его, как инородное тело, из своей среды.

В приведенном Вами контексте прилагательное герметичные может быть понято и как относящееся только к слову пакеты, и как относящееся к обоим словам сочетания пакеты либо мешки. Фраза в скобках (невозможность проникновения кислорода воздуха и предотвращение окисления продукта в процессе хранения) грамматически не согласована ни с одной частью высказывания, поэтому понять, к чему она относится, решительно невозможно. 

Возможен и тот, и другой вариант. Существительные одушевленные при обретении значения, не отнесенного к живому существу, могут сохранять исходные падежные формы, что предопределяет выбор варианта как виртуального помощника. В то же время представление о том, что речь идет о созданном людьми программном продукте, в силах склонить говорящего к той падежной форме, какая характеризует употребление неодушевленных существительных: как виртуальный помощник.

Да, это верная форма. если существительное препарат используется не как синоним слова лекарство, а строго в значении "продукт переработки чего-либо": препараты меди, препараты алюмосиликата аллофана, препарат полипренолов и т. п.

Запятая не ставится между частями сложносочиненного предложения с общей вопросительной интонацией, если между ними стоит одиночный сочинительный союз. В данном случае части соединены союзами ли… или, которые в данном случае рассматриваются как повторяющийся союз.

См. также в "Справочнике по пунктуации".

Увы, подобрать более удачный перевод для слова challenge довольно трудно. А приведенный Вами заголовок, действительно, плох своею двусмысленностью. Здесь слово вызов можно было бы заменить синонимом испытание.