Функция сочетания и прежде всего аналогична функции сочетания и в том числе: оно начинает присоединительный оборот с конкретизирующим значением. Следовательно, корректно: ...нацелены на удовлетворение сиюминутных потребностей, и прежде всего физиологических потребностей в еде и питье.

В русской пунктуации не принято ставить запятую перед открывающей скобкой, даже если текст в скобках относится не только к выделяемому запятыми обороту, но и ко всему предложению; запятая ставится после закрывающей скобки: Положение об оплате труда работников ИО РАН, утвержденное приказом № 5 от 09.01.2024 г. (далее — Положение), определяет...

Да, это причастный оборот. Верная пунктуация: 1.Материальные средства, содержащие ДМ, выдаются начальником склада. 2. Не обеспечили проведение полной инвентаризации изделий, содержащих ДМ, на всех объектах, закрепленных за подчиненными подразделениями, и не организовали контроль работы инвентаризационной комиссии.

Определительный оборот, стоящий после определяемого слова перчатки, нужно обособить. Поэтому ставится запятая.

Аббревиатура СИЗО пишется прописными. По приведенному Вами отрывку нельзя однозначно ответить, нужна или не нужна запятая перед как. Приведите предложение полностью.

Запятая не нужна. Например стоит в начале обособляемого оборота.

Мы упомянули только об одном случае потому, что он имеет отношение к приведённому Вами в вопросе примеру. Если говорить о русской пунктуации в целом, то, действительно, постановка запятой после слова однако в начале предложения может быть обусловлена более чем одной причиной. Спасибо за уточнение!

Запятая перед чтобы необходима, а во избежание двусмысленности можно перестроить предложение. 

Несмотря на — производный предлог, синонимичный производному предлогу вопреки (несмотря ни на что = вопреки всему). Согласно параграфу 75 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина (М., 2006 и след.), обстоятельственные обороты, имеющие в своем составе производные предлоги и предложные сочетания (благодаря, вопреки, ввиду, в целях, в связи с, во избежание, вследствие, по случаю, по причине, при наличии, согласно с, в отличие от, в противоположность, наподобие, при условии, в силу, за отсутствием, несмотря на, невзирая на, спустя, независимо от и др.), обособляются при подчеркивании их смысла. В приведённом Вами предложении нет оснований для обязательного обособления обстоятельства несмотря ни на что, однако и постановке запятой ничто не препятствует.

Необходимо выделить с двух сторон запятыми определительный (причастный) оборот выданного АО «Ромашка» (далее — Агенту).