Вы совершенно правы. Корректны варианты: Мы далеки от понимания механизмов, лежащих в основе процесса; Механизмы, лежащие в основе процесса, ещё не изучены и т. п. 

Корректно дефисное написание: аgile-подход, аgile-методология.

Предложения Станция ещё видна и Станцию ещё видно различаются  грамматически: первое предложение двусоставное, а второе односоставное безличное.  

В данном предложении знаки препинания расставлены верно. 

Для ответа на этот вопрос необходимо понимать, какими отношениями связаны признаки альтернативности и обязательности: альтернативно-обязательные (альтернативные и при этом обязательные) или альтернативно обязательные (альтернативно — то есть в каком отношении — обязательные). 

О человеке может быть сказано только я не знаю (никого) русского, о языке — я не знаю русский и я не знаю русского (хотя последний вариант носит разговорный оттенок).   

Правописание безударного гласного в корне выплавлять проверяется словами с тем же корнем, в которых гласная стоит под ударением (плавить, сплав, выплавка). 

Можно предположить, что составные определения рассчитанно-трезвы и безотчетно пьяны образованы разными способами. В слове рассчитанно-трезвы два признака объединены сочинительными отношениями: рассчитанны и трезвы ("здравы, рассудительны"), тогда как в сочетании безотчетно пьяны наблюдаются подчинительные отношения между признаком (пьяны) и признаком признака (каким образом? безотчетно). Однако приходится признать, что в контексте романа Пастернака эти определения явно противопоставлены друг другу и потому должны быть оформлены орфографически единообразно.   

«Прилагать стихи к прозе — удобный прием: они по-иному подсвечивают то, что написано в книжке...» — читаем в послесловии одного из романов и убеждаемся в том, что метафорическое употребление глагола подсвечивать возможно.

Одиночное определение обособляется:

1) если несет на себе значительную смысловую нагрузку и может быть приравнено к придаточной части сложноподчиненного предложения: Молодому человеку, влюблённому, невозможно не проболтаться (Т.) [ср.: Молодому человеку, если (когда) он влюблён…]; В небе, густо-синем, таяла серебряная луна (М. Г.);

2) если имеет добавочное обстоятельственное значение: Фата Любочки опять цепляется, и две барышни, взволнованные, подбегают к ней (Ч.) — к чисто определительному значению (какие барышни?) добавляется значение причинное (почему подбегают?) или с другим обстоятельственным оттенком (в каком состоянии подбегают?); Люди же,  изумлённые,  стали как камни (М. Г.); Миронов, удивлённый, долго, до боли в глазах смотрел в небо (М. Г.); Мальчик, сконфуженный, покраснел;

3) если оторвано в тексте от определяемого существительного: Глаза смыкались и, полузакрытые, тоже улыбались (Т.); На лавке, разбросанные, лежали поршни, ружьё, кинжал… (Л. Т.); Настасья Петровна ещё раз обняла Егорушку, обозвала его ангельчиком и, заплаканная, стала собирать на стол (Ч.);

4) если имеет уточняющее значение: И минут через пять лил уже сильный дождь, обложной (Ч.).