Теоретически постановка тире в таких случаях возможна, но пропуск слов не должен приводить к невнятности высказывания. 

В данном случае запятая не требуется.

В данном случае правильна постановка тире. 

Обычное окончание родительного падежа множественного числа у существительных мужского рода с исходом основы на твердый согласный — -ов. Однако некоторые группы существительных принимают в этой форме нулевое окончание. К ним относятся и некоторые наименования единиц измерения: ампер, ватт, вольт, герц и др. Ряд слов допускает колебания: килограммов и килограмм, каратов и карат, гектаров и гектар и др. При этом появлению нулевого окончания способствует употребление существительного в составе счетного оборота (сто грамм, пять гигабайт). При затруднениях следует обращаться к словарям. См. об этом также у Д. Э. Розенталя и в «Письмовнике».

Если в скобки заключено предложение целиком, то точка ставится перед закрывающей скобкой.

1. Лучше: аромат яблок. 2. Такого правила нет, следует поставить запятую. Слова опоздав почти на час могут выделяться скобками или тире с обеих сторон как вставная конструкция: Против обыкновения он пришел в мятом пиджаке и брюках (опоздав почти на час) и не подготовил доклад к заседанию.

Запятая перед соответственно не требуется.

В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.

Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.

Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.