Да, верно: в Архангельском порту; в комиссии при порте.

Есть еще несколько случаев, когда после согласных пишется э. Это написание после приставок или составных частей сложных и сложносокращенных слов (предэкзаменационный, сэкономить; двухэтажный, Мосэнерго); написание во многих собственных именах иноязычного происхождения и производных от них словах (Бэкон, Дэвид, Сэлинджер; Мэриленд, Тайбэй, Улан-Удэ, Хуанхэ). Кроме того, э пишется в названиях букв (бэ, вэ, гэ и др.), в составе аббревиатур, пишущихся по названиям букв, и слов, образованных от буквенных аббревиатур, напр.: бэтээры, кавээнщик, гэпэушник, кагэбэшный, в звуковых аббревиатурах и образованных от них словах, напр.: ГЭС, ТЭЦ, ВТЭК, НЭП, втэковский, нэпман. 

Но в целом закономерность, о которой Вы говорите, существует. По нормам русской орфографии не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква е (бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

В вашем предложении знаки препинания расставлены верно. 

Корректно: В целях реализации защищённого доступа к сервисам прошу Вас предоставить в наш адрес сформированную ключевую и справочную информацию для использования программного обеспечения(,) согласно прилагаемому приложению. Постановка второй запятой зависит от смысла высказывания: 1) предоставить... согласно приложению — запятая нужна; 2) использования... согласно приложению — запятая не нужна. 

Да, правильно.

По основному правилу тире не требуется. Но как интонационный знак оно может быть поставлено.

Да, это традиционное (словарное) написание.

Оба варианта правильные. Какой из них выбрать, решает автор текста.

Запятая перед куда нужна.

Знаки препинания расставлены верно.