Запятые обязательны: направляю Вам техническую документацию, необходимую для подготовки коммерческого предложения, и откорректированную форму таблицы конкурсных предложений... Обособляется определительный оборот, стоящий после определяемого слова.

В этом предложении прямая речь внутри слов автора. В общем случае после такой прямой речи ставится только запятая, если она была необходима в месте разрыва вводящих слов автора (а в нашем примере она необходима, так как на этом месте оканчивается часть сложного предложения). Однако если прямая речь заканчивается многоточием, вопросительным или восклицательным знаком, вместо запятой ставится тире, сравним пример: Петр Михайлыч хотел сказать: «Не впутывайся ты, пожалуйста, не в свои дела!» – но промолчал (Ч.). Поэтому корректно: Хотя ей говорили: «Зря ты грустишь, зря не ешь и не спишь!» — она терпеливо ждала своего чуда.

В этом предложении возможны варианты пунктуации. Чтобы сделать выбор, необходимо знать следующее.

Обстоятельство, выраженное существительным, обособляется в том случае, если необходимо подчеркнуть его особую смысловую нагрузку. Чаще всего это связано с приданием обстоятельству дополнительных оттенков значения. Д. Э. Розенталь иллюстрирует это правило таким примером: Петя, после полученного им решительного отказа, ушёл в свою комнату и там, запершись от всех, горько плакал (Л.Т.) – совмещены два значения обособленного оборота –временное и причинное (ушел и горько плакал не только после того, как получил отказ, но и потому, что получил его). 

Сочетания нефтеперерабатывающий завод, швейная фабрика корректны. Вопрос о том, почему одни предприятия в русском языке называются заводами, а другие фабриками, в свое время (а именно в 1954 году) задавал С. И. Ожегову один из читателей его знаменитого толкового словаря. Сохранился ответ Сергея Ивановича читателю, который может служить ответом и на Ваш вопрос:

Наименование промышленного предприятия то фабрикой, то заводом связано с рядом исторических условий. Слово «фабрика» распространяется у нас со времени Петра I. В тех отраслях производства, в которых еще до Петра I имелась форма промыслового или промышленного предприятия, сохраняется название «завод». Такова, например, область металлургии, область производства, связанная с обработкой сельскохозяйственной продукции (кожевенный завод, современные консервный завод, хлебозавод и т. п.). Бумажное производство существовало до Петра I, но предприятия назывались «мельницами», а не «заводами», и со времени Петра I их стали звать «фабриками». Текстильное производство, как правило, не было организовано в форме предприятий, и со времени Петра I, когда появляются текстильные предприятия, они получают названия «фабрик». Исторические условия были, по-видимому, главным моментом, определившим различие наименований промышленных предприятий.

Нет оснований для постановки запятых: ООО "АРЕД" для производства строительно-монтажных работ на объекте административного здания по адресу... необходим монтажный кран СКГ 63/100. Прошу вас заключить договор с ООО "АРЕД" для выполнения работ вашего крана на данном объекте.

Использовать кавычки не обязательно.

Правильно в названии: Почетная грамота Президента Российской Федерации. В свободных сочетаниях правильно написание строчными: высокую оценку президента получили, президент отметил грамотой, по словам президента...

В таких случаях лучше применять кавычки разного рисунка, например: «"Автоваз" будет развиваться и дальше», – сказал он. 

Слово миллионов (или другое обозначение числа) здесь необходимо во избежание двусмысленности, указанной Вами.