Да, пункты перечня следует отбивать абзацем.
К приведенным примерам указанное правило не применимо: в них нет однородных сказуемых при одном подлежащем, как нет и «независимых предложений». В первом случае союз и связывает две части, объединенные разговорной вопросительной частицей а если (эта частица приведена, в частности, в «Толковом словаре сочетаний, эквивалентниых слову» Р. П. Рогожниковой (М., 2003)) и, соответственно, общей вопросительной интонацией, что отменяет постановку знаков препинания (см. пункт 5 параграфа 112 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина): А если я израсходую их и что-то случится? Во втором случае мы имеем дело со сложноподчиненным предложением, в котором придаточная часть находится перед главной, что допускает постановку тире: Когда он вернётся — мне конец.
Вторая формулировка корректна: пусть x = 2, тогда y =... В первом случае нужно употребить союз если: если x = 2, то y =...
При согласовании с существительным женского рода корректно: две групповые тренировки и две групповых тренировки. При согласовании с существительным мужского или среднего рода: два групповых занятия, два групповых урока.
Слово сонаправлен пишется слитно, верен первый вариант.
Это форма научусь.