Правильно: города Люберцы. Географические названия в сочетании с родовым словом не склоняются, если внешняя форма названия соответствует форме множественного числа.
Корректно: мэр Москвы, мэр города Москвы.
См. в словарях.
Грамматически верно: готова к работе. Не совсем понятно, какой смысл Вы вкладываете в это выражение.
Корректно: ...учреждению Великого Новгорода. В канцелярской речи: ...города Великого Новгорода.
В образцовой литературной речи названия городов склоняются в сочетании со словом город: лицей города Лобни. Но в официальных документах название должно указываться в соответствии с тем, как оно зарегистрировано.
Единства в словарных рекомендациях нет. Согласно словарю Е. А. Левашова «Географические названия» (СПб., 2000) Нягань – слово женского рода. Надо признать, что вариант (из) Нягани встречается гораздо чаще, нежели вариант (из) Няганя.
Корректно согласование по женскому роду: компания-производитель готова...
