В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина, Л, К. Чельцовой дана такая рекомендация: названия участков течения рек и плесов пишутся со строчной, если они не входят в состав сложных собственных названий. Например: верхняя Припять, нижняя Березина, средний плес Волги. Но: Верхняя Тура (название города), Нижняя Тунгуска (название реки). Поэтому правильно: верхний Амур, средний Амур, нижний Амур.
Запятая не нужна.
Корректно написание со строчной (маленькой) буквы: с новым учебным годом.
Повторять предлог не нужно: Поздравляю с профессиональным праздником — Днем энергетика.
Перед словами, начинающимися с сочетаний [с, з, ш, ж + согласный], употребляется предлог со. Правильно: Марк со Златой. Подробные рекомендации см. в «Письмовнике».
Оба варианта возможны.
Верно: С праздником!