Согласны с Вами, употребление слова учинить здесь необоснованно, корректно: внести запись.

Да, причастный оборот нужно закрыть запятой.

Определительное наречие почти относится к наречиям меры и степени. Оно сочетается со словами и выражениями, значение которых подразумевает или допускает разную меру интенсивности проявления качества, свойства (почти красавица), разную количественную меру (почти все ученики), разную степень достигнутости результата (почти дочитал книгу) и т. п. Для того, чтобы убедиться в том, что перед нами такое наречие, нужно попытаться заменить его другим наречием степени (смысл несколько изменится, но конструкция не станет неприемлемой): почти дочитал книгу — полностью дочитал книгу; почти все ученики — абсолютно все ученики; почти красавица — совсем красавица.

Частица почти (почти что) относится не к уточняющим, а к выделительно-ограничительным (во всяком случае, в академической Русской грамматике 1980 г.). Разница между этой частицей и наречием едва ощутима. Но, если предложенная выше замена невозможна по смыслу, перед нами именно частица. Ср.: Они с Соней ровесницы, почти сестры: невозможно быть абсолютными сестрами или сестрами наполовину, если женщины вообще не связаны родственными отношениями. Значит, здесь почти употреблено не в значении «примерно полного» родства, а в переносном значении ‘как будто’. Именно этот оттенок смысла и стремился внести в предложение его автор, а частицы как раз вносят в предложения именно оттенки смысла.

Аналогично: Почти 40 % российской земли непригодны для жизни (АиФ). Замена другим наречием степени также невозможна, следовательно, и здесь — частица. Пример очень похож на пример про почти всех учеников, но различие в том, что все — это оценка количества учеников, а 40 % — точная величина.

Сочетание нести опасность не слишком корректно, хотя и встречается достаточно часто. Предпочтительно: Какую опасность/угрозу представляет...

Лучше заменить местоимение существительным: ...неустойка будет рассчитываться, размер будет рассчитываться.

Само по себе слово одновременно не требует постановки знаков препинания. Пунктуация зависит от строя конкретного предложения.

Разные лингвисты считают по-разному. В школьной практике -ть (-ти) обычно выделяют как суффикс. См.:  Учебник Е. И. Литневской, раздел «Формообразующий суффикс».

Корректный вариант оформления: "группа смерти". Можно назвать это выражение идиомой.