Оба варианта могут считаться правильными, хотя есть нюансы.

Во-первых, безоговорочно можно считать предложно-падежную форму из + Р. п. несогласованным определением, если ее можно заменить прилагательным — согласованным определением. Например, Наф-Наф строит дом из камней = каменный дом. Но есть следующий пункт.

Во-вторых, существенное значение имеет то, актуализирован в контексте материал, из которого строится шалаш, или нет. Если материал важен (например, в сказке о трех поросятах он играет ключевую роль), то предпочтительнее видеть в нашей предложно-падежной форме косвенное дополнение: важно не просто какой строится шалаш (на вопрос какой? можно ответить десятком разных прилагательных, отнюдь не обязательно называющих материал), а именно из чего. Поэтому в той же сказке в конструкциях дом из соломы, дом из веток, дом из камней предпочтительнее видеть косвенное дополнение.

Вывод: целесообразно оценивать контекст. Если контекста нет, то предложение воспринимается как сообщение о том, из чего именно построен шалаш (тогда дополнение). Если же из контекста понятно, что материал не в фокусе внимания (Надо было устраиваться на ночлег. Мы быстро соорудили шалаш из веток, разожгли костер и начали готовить себе ужин), тогда вполне можно считать, что перед нами несогласованное определение.

В современном тексте предпочтительно использовать слитное написание прилагательного: оно кодифицировано. При цитировании источников желательно воспроизводить написание в оригинале, предварительно уведомив читателя о характерной для орфографии того времени вариативности.

Заявление на получение лицензии корректно.

Нужно ставить запятую. 

В данном предложении "что надо" является дополнением, запятая не нужна.   

Можем предположить, что различие в ударении связано с происхождением этих слов из соответственно русского и церковнославянского языка. Точно скажут историки языка.

Корректно: количество заявок, не закрытых по техническим причинам.

Раньше словари, действительно, предписывали употреблять вариант без выпадения гласного: брелоки, брелоков, с брелоком. Однако в последнее время норма смягчилась, сейчас допустимы оба варианта: брелоков и брелков, с брелоком  и с брелком.