В правилах недостаточно разъяснений о том, от чего в подобных предложениях зависит выбор двоеточия и тире. На наш взгляд, тире нужно ставить в том случае, если главную информацию передают однородные компоненты, на них падает логическое ударение. Двоеточие нужно поставить, если главное в предложении то, сколько было предметов, логическое ударение падает на словосочетание с количественным значением. Информация о том, какие были предметы, второстепенная, дополнительная. 

Более вероятна такая расстановка знаков:

Открытие произошло на стыке двух наук — математики и физики.

В набор входит три карандаша: синий, красный и зеленый.

Интересная орфографическая задачка! Конечно, такая ситуация не регламентируется правилами. Предлагаем выделить название не кавычками, а курсивом:

     Но лучший эль для храбрецов — В Зелёном лишь драконе!

Сочетание ученый совет пишется строчными.

Слово институт пишется с большой буквы, если это первое слово официального названия: ученый совет Института цифровых технологий. Если это не начало официального названия, правильно написание строчными.

Написание зависит от наличия у отглагольной формы зависимых слов: нечищеный въезд в гараж, еще не чищенный въезд в гараж.

Это зависит от смысла. Если домишко был единственным и при этом зеленым, то запятая нужна.

Если домишко был не один, но только этот был зеленым, то запятая не требуется.

Кавычки не нужны.

Запятая перед чем не нужна, т. к. оборот не содержит сравнения. Ср.: Футболист зарабатывает намного больше, чем ученый.

От глагола совершенного вида кончить образуется причастие конченный и прилагательное конченый. Прилагательное является исключением из правила о написании нн. Подробный орфографический комментарий к слову и правила см. в информационно-поисковой системе «Орфографическое комментирование русского словаря». 

В таком изолированно взятом предложении тире не требуется. Возможно, в определенном контексте будут уместны иные пунктуационные решения.

Нужна запятая в третьем сочетании (тихий, уютный). В первом - по желанию.