Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.
Эта формулировка не верна.
Составные числительные, заканчивающиеся на два, три, четыре, в именительном-винительном падеже не сочетаются с существительными, имеющими формы только множественного числа. Придется перестроить предложение, например, так: есть ворота в количестве 62 (шестидесяти двух) штук. Подробнее о проблеме сочетаемости можно прочитать в «Справочнике по правописанию, произношению, литературному редактированию» Д. Э. Розенталя, Е. В. Джанджаковой, Н. П. Кабановой (§ 166, п. 3).
Обособление факультативно.
Правильно: мэр города Магнитогорска (см. Горячую десятку вопросов).
Возможны оба варианта, но с разными оттенками значения. В значении 'отнюдь не удобная, вовсе не удобная' – раздельно. В значении 'совершенно, очень неудобная' – слитно.
Правильно: мэр города Иркутска.