Поскольку части этого сложносочиненного предложения соединены повторяющимся союзом и... и... (а не одиночным союзом и), запятая требуется несмотря на общее для обеих частей обстоятельство (осенью): Осенью и птицы готовятся к зиме, и звери создают запасы. 

Верно: было не одна и не две.

Корректно: Бульба проявляет не только гордость и бесстрашие, но и силу воли и преданность интересам казачества.

В глаголе преуспеть выделяется приставка пре-, передающая значение интенсивности, полноты действия, названного производящим глаголом: успеть → пре-успеть; ср.: исполнить → пре-исполнить, уменьшить → пре-уменьшить и др.

С глаголом преступить и производным от него существительным преступник ситуация более сложная. С точки зрения специалистов по словообразованию, анализирующих систему современного языка, глагол преступить превратился в непроизводный, в отличие от глагола отступить (‘передвинуться, шагнуть = ступить назад или в сторону’), значение которого по-прежнему очевидным образом выводится из производящего глагола ступить и приставки от-. Глагол преступить имеет значение ‘cамовольно нарушить что-л.’, семантическая связь с глаголом ступить утрачена, а следовательно, в словообразовательном отношении он непроизводен, имеет корень преступн-. Такой же корень при словообразовательном анализе имеет производное от этого глагола существительное преступник. Подобная точка зрения отражена в словообразовательных словарях.

Однако словообразовательный анализ является лишь одним из видов анализа структуры слова. Существует также морфемный анализ, который учитывает не только формо- и словообразовательные особенности слов, но и их способность члениться на морфемы на основе принципов собственно морфемного анализа. При собственно морфемном анализе учитываются словообразовательные связи других слов, содержащих подобное морфемное строение. Используя сопоставление: пре-ступить  ― от-ступить ― за-ступить и т. п., на собственно морфемном уровне в глаголе преступить и производном от него существительном преступник выделяется приставка пре-. Такое членение фиксируется собственно морфемными словарями.

Дублировать сокращение "ст." не нужно, достаточно написать один раз (как и НК).

Запятая в указанном месте действительно не нужна, так как ни один из четырех союзов и в этом предложении не является повторяющимся по отношению к другому: понеслась и застрекотала; честности и воспитания; застрекотала насчет... и о...; нравственном и передовом.

Знак перед союзом и нужен, поскольку союз соединяет части сложносочиненного предложения: подурачились — неполное предложение (отсутствует подлежащее, понятное из контекста или ситуации), хватит — нечленимое предложение (синтаксический фразеологизм) со значением 'достаточно, довольно, пора прекратить' (В. Ю. Меликян. Синтаксический фразеологический словарь русского языка. М., 2013. С. 323). По общему правилу в сложносочиненном предложении перед союзом и нужна запятая, однако лучше поставить тире, выражающее значение результата, следствия, резкого противопоставления. 

Корректны два варианта: 

• Она сидела и думала, с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать.
• Она сидела и думала: с чем ей понравилось больше и могла ли она вообще выбрать?