Это значение у слова вода уже не является необычным, непривычным, оно фиксируется словарями русского языка. Но фиксируется, как правило, с пометой разг. (разговорное). Поэтому в нейтральном контексте кавычки могут быть уместны (они покажут, что слово принадлежит другому стилю речи). Окончательное решение принимает автор текста.
В вашей формулировке предложение получается сложносочиненным с двумя грамматическими основами: лебедь не успел улететь и мертвый упал. Корректно: Лебедь не успел улететь и, мертвый, упал в воду; Лебедь не успел улететь и мертвым упал в воду.
Да, тире в этих случаях нужны.
Возможны оба варианта: года и годы.
Оба варианта возможны. См. ответ на вопрос № 274443 в архиве справочной службы.
Да, во втором предложении наращение нужно, т. к. нет слова год: А в начале 2006-го уже появились первые клиенты.
Запятые не нужны, т. к. определительный оборот свойственных йоду стоит перед определяемым словом эффектов. Ср. (при обратном порядке): зеленка лишена побочных эффектов, свойственных йоду.
