Приставочный глагол поднять (в зн.: ‘нагнувшись, взять с земли, пола’, ‘переместить выше’, ‘сделать более высоким’) был образован от ныне вышедшего из употребления глагола я-ти (в зн.: ‘брать’) с помощью приставки под- со значением ‘низ’ (см. «Этимологический словарь русского языка» Г. П. Цыганенко); ср. с однокоренным глаголом вз-я-ть (приставка вз-). Звук н появился под влиянием аналогии с корнем -ня- в глаголах, в которых корень такого вида возник в результате переразложения приставок и корня в глаголах с-ня-ть, в-ня-ть и т. п., первоначально имевших приставки сън-, вън- и корень -я-. Таким образом, первый этимологический корень ― это корень -я-, который преобразовался в результате переразложения морфем в -ня-.

Корень -ня- в современном языке является связанным (не употребляется самостоятельно, без других словообразовательных морфем). Этот корень выделяется при собственно морфемном анализе слова (разборе слова по составу), см. «Словарь морфем русского языка» А. И. Кузнецовой и Т. Е. Ефремовой.

При синхроническом словообразовательном анализе, задачей которого является не выделение корня, а установление отношений производности между словами в современном языке, подня- рассматривается как нечленимая непроизводная основа, см. «Словообразовательный словарь русского языка» А. Н. Тихонова. Непроизводность основы на синхроническом уровне считается следствием утраты семантических связей с этимологически однокоренными словами и изменение значения приставки. Однако многозначная глагольная приставка под- сохраняет в современном языке в качестве одного из значений указание на направленность действия снизу вверх, ср.: под-бросить, под-прыгнуть и др., поэтому даже по этой причине вопрос о словообразовательной непроизводности глагола поднять является спорным.

Точно назвать год не представляется возможным. Слово конфекта  пришло в русский язык из западноевропейских языков – возможно, из немецкого. Словарями оно фиксируется (в форме конфекты) с 1780 года. Однако как слово, вошедшее в общее употребление, существительное конфекта известно с начала XVIII века.

Форма конфета (без К перед Т) в русском языке, возможно, итальянского происхождения. Она стала употребляться в первой половине XIX века. Словарь Даля отмечает обе формы, при этом в качестве основного варианта предлагая уже форму конфеты. В «Толковом словаре русского языка» под ред. Д. Н. Ушакова (1936–1940) зафиксированы варианты конфект, конфекта как устарелые и новые просторечные. Но как основной дан вариант конфета. Ко второй половине XX века формы конфект и конфекта перестают употребляться. В «Словаре русского языка» С. И. Ожегова 1949 года они уже не отмечаются.    

Современной орфографической норме соответствует написание естественно-научный. Можно сослаться на  «Русский орфографический словарь» РАН под ред. В. В. Лопатина (М., 2007)  – самый полный современный орфографический справочник, а также на «Орфографический словарь русского языка» Б. З. Букчиной, И. К. Сазоновой, Л. К. Чельцовой (М., 2008), включенный приказом Министерства образования и науки РФ в список грамматик, словарей и справочников, содержащих нормы современного русского литературного языка при его использовании в качестве государственного языка Российской Федерации.

Затруднения в написании слова естественно-научный обусловлены тем, что по «Правилам русской орфографии и пунктуации» 1956 года (которые действуют до сих пор) верно слитное написание этого слова (как образованного от словосочетания естественные науки). Однако в пунктах, касающихся слитного / дефисного / раздельного написания, «Правила русской орфографии и пунктуации» устарели и расходятся с современной практикой письма, поэтому необходимо руководствоваться предписаниями современных орфографических словарей.

Согласно орфографической норме современного русского литературного языка в этом сочетании оба слова пишутся с прописной буквы: Беловежская Пуща.

Ровно три года назад на нашем портале проходила дискуссия на эту тему с участием сотрудников «Справочного бюро», посетителей нашего форума и д. ф. н. С. А. Кузнецова, главного редактора «Большого толкового словаря русского языка», в котором было зафиксировано засерать, обсерать, но просирать. Вывод, к которому пришли тогда участники обсуждения, таков: при выборе написания чередующихся гласных в корне сер-/ сир- мы всё-таки должны руководствоваться правилом, которое применяется для корней бер-/бир-, дер-/дир-, мер-/ мир-, пер-/пир-, тер-/тир-, блест-/блист-, жег-/жиг-, стел-/стил-, чет-/чит-. Согласно этому правилу И пишется, если дальше следует суффикс -а-; таким образом, верно: засирать, обсирать, просирать; в остальных случаях пишется е: высер, сернуть; под ударением, естественно, пишется слышимая гласная: обсёр, сёрнуть, засЕря. При такой интерпретации корень сер-/сир- дополняет список корней, который до сих пор считался исчерпывающим. Видимо, корень сер-/сир- является табуированным для нормированного литературного языка.

Да, тире в этих случаях нужны.

Запятая не нужна.

Слова по факту не являются вводными и не обособляются.

Спасибо за весьма разумное предложение! Мы непременно обновим информацию о словарях. 

Можно поставить запятую, можно поставить тире. Оба варианта правильны.