В орфографии и школьной традиции в слове предлагать выделяется корень с чередованием -лаг- (ср. предложить), соответственно пред- рассматривается как приставка (см., например, здесь). Безусловно, такое членение на современном этапе развития русского языка можно поставить под сомнение, есть основания выделять корень предлаг-. Составители пособия следуют за школьной традицией. 

С проблемами морфемного членения мы сталкиваемся и при разборе слова воплотить. Связь с родственным словом плоть не является очевидной. Однако если иметь в виду, что плоть понимается не только как 'тело живых существ', но и как 'материальное воплощение, проявление в вещественных образах, формах' (см. словарное толкование), то становится понятно, что в слове воплотить выделяется корень -плот-. 

Вы правы, изменение написания слова связано с утверждением в 1956 году новых правил правописания. Что касается значений, то многие связанные с техникой слова сегодня употребляются несколько иначе, чем в 30-е годы прошлого столетия. Можно обратиться хотя бы к истории слова самокат (в словаре Д. Н. Ушакова этим словом назван велосипед).

Громко кивнуть вряд ли получится, но можно что-то говорить и при этом кивнуть головой.

Корректно слитное написание.

Это причастие, при наличии зависимых слов не с причастиями пишется раздельно: не дошедший до нас.

Предпочтительно: не спросив... разрешения.

В Вашем случае лучше написать с прописной: Прошу Вас... Местоимение Вы пишется с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу.

Достаточно запятой: Он пришел, чтобы увидеть нас. Тире вместо запятой возможно, если необходимо подчеркнуть интонационное отделение главной части от придаточной.

Возможны оба варианта. Основные правила согласования сказуемого со счётно-именным оборотом можно прочитать в «Письмовнике».

Если адресат поздравления — группа лиц, правильно только с маленькой буквы. Если же адресат — один человек и Вы хотите подчеркнуть уважительное обращение к нему, рекомендуется написать Вас с большой буквы. Но окончательное решение в этом случае остается за Вами.