Запятыми выделяются конструкции с союзом как, имеющие дополнительное обстоятельственное значение причины. Обороты, в которых союз как заменим на в качестве, обособлять не следует. В Вашем предложении возможны оба прочтения: документирование генерирует... т. к. является начальным этапом учетного процесса и документирование в качестве начального этапа учетного процесса... Решение принимает автор. От знаков препинания будет зависеть смысл фразы.

Написание в кавычках не будет ошибочным, решение в данном случае за автором текста. Но мы рекомендуем всё-таки не заключать сочетание горячая линия в кавычки. Это сочетание уже не является необычным, непривычным, оно зафиксировано словарями русского языка, причем зафиксировано в написании без кавычек (см., например: Большой академический словарь русского языка. Т. 9. М., СПб., 2007. С. 202).

Мужскую фамилию Пастушок можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Пастушка, Пастушку и т. д.) и с сохранением гласного (Пастушока, Пастушоку и т. д.). Решение принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант склонения, так как в этом случае, во-первых, из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии, а во-вторых, склонение фамилии будет отличаться от склонения соответствующего нарицательного существительного.

Мужскую фамилию Стефанец можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Стефанца, Стефанцу и т. д.) и с сохранением гласного (Стефанеца, Стефанецу и т. д.). Решение о типе склонения принимает носитель фамилии, но предпочтителен второй вариант (с сохранением гласного), так как в этом случае из косвенных форм легко вывести начальную форму фамилии. Женская фамилия Стефанец не склоняется. 

Оба варианта — защита по «сухому ходу» и защита по «сухому» ходу — могут быть корректными, решение зависит от контекста. Если сухой ход рассматривается как единое понятие или термин, то кавычки можно ставить вокруг всего выражения: «сухому ходу». Если же выделяется именно слово сухой, то уместно оставить кавычки только вокруг него.

По правилу разговорные названия машин с уменьшительно-ласкательными суффиксами пишутся без кавычек, например: москвичок, жигулёнок, фордик, уазик. Но в данном случае кавычки могут быть уместны, чтобы подчеркнуть, что речь идет не о собаке. В письменной практике встречаются оба варианта: милицейский бобик и милицейский «бобик». Представляется, что оба они корректны, а окончательное решение вправе принять автор текста.

Вы совершенно правы: управление заменить кого/что на кого/что (вместо заменить кого/что кем/чем) оценивается как норма лишь разговорной речи. Статью непременно исправим! 

Предлагаем такой вариант: 

Пусть бы (Вот бы, Ах, если бы) он всегда, глядя в окно, радовался.

Синтаксическое желательное наклонение принадлежит к числу ирреальных, поэтому грамматическое выражение отнесенности к будущему здесь невозможно. Если это необходимо, нужно ввести лексический показатель (Пусть бы он впредь...)

Эти фамилии можно склонять двояким образом: с выпадением гласного (Косянка, Косянку; Татьянка, Татьянку) и без выпадения гласного (Косянока, Косяноку; Татьянока, Татьяноку). Предпочтительным лингвисты называют склонение без выпадения гласного (т. е. в данном случае Косяноку, Татьяноку), ведь фамилии выполняют в том числе юридическую функцию. Но окончательное решение принимает носитель фамилии, он вправе сам выбирать, как склонять его фамилию – сохраняя или не сохраняя гласный.