В этом случае запятая перед чем также не нужна, так как оборот с этим союзом не имеет значения сравнения. Сравним: Мы встречали вас реже, чем его (имеются два объекта сравнения, запятая ставится).

В слове конфеточка суффикс -очк-.

Уменьшительно-ласкательный суффикс -очк- имеет такое же уменьшительно-ласкательное значение, как и суффикс -к-, ср.: конфет-очк-а, справ-очк-а, ваз-очк-а, лент-очк-а и т. п.; берез-к-а, шуб-к-а, гор-к-а, птич-к-а и т. п.

В этом предложении союз как имеет значение «в качестве», а потому оборот с этим союзом не обособляется: ...результаты, полученные автором как одним из исполнителей государственной программы при выполнении научных работ...

Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.

В значении 'служащий иллюстрацией, богатый, изобразительный' в русском языке используется прилагательное иллюстративный. Слово иллюстрационный имеет значение 'относящийся к иллюстрации' и употребляется, например, при противопоставлении текстового материала и иллюстрационного.

Запятая не нужна. Оборот с союзом как не выделяется запятыми, если входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу (в данном предложении сказуемое отношусь не имеет смысла без сравнительного оборота).

Разницы в значении нет, запятая не нужна. Но автор текста в принципе имеет право поставить запятую, если под словами "вообще-то" он подразумевает "вообще говоря". На практике в этом случае запятая обычно не ставится.

Обстоятельственные обороты с предлогом на протяжении обычно не обособляются. Также этот оборот не имеет характера добавочных сведений, сообщаемых попутно, поэтому его нельзя рассматривать как присоединительный член предложения. Следовательно, для постановки запятых нет оснований.