См. в "Справочнике по правописанию и литературной правке" Д. Э. Розенталя: Действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения, например: Подведя итоги прений, председатель собрания отметил общность взглядов докладчика и участников совещания.

Если же производитель действия, обозначенного глаголом-сказуемым, и производитель действия, обозначенного деепричастием, не совпадают, употребление деепричастного оборота стилистически ошибочно, например: Переходя через рельсы, стрелочника оглушил неожиданный свисток паровоза.

В первом случае запятая поставлена потому, что причастный оборот стоит после определения-прилагательного тонкостенной и перед определяемым словом утробе (т. е. разрывает непосредственную связь прилагательного и существительного). Во втором случае запятая не требуется, поскольку причастный оборот стоит перед определением-прилагательным и относится к следующему затем сочетанию определения-прилагательного и определяемого слова: Вертолёт незаметно набрал высоту над хребтами, и в его звеневшей кастрюльным набатом тонкостенной утробе стало холодно. См. параграф 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Здесь все зависит от того, с какой глагольной формой связано обстоятельственное сочетание в целях оптимизации кадровой структуры Департамента. Если оно связано с деепричастием руководствуясь, то запятая нужна, чтобы закрыть причастный оборот. Если с причастием утвержденного — запятая не нужна, поскольку в этом случае сочетание входит в причастный оборот. Если же указанное сочетание связано с глаголом внести (изменения), то нужно изменить порядок слов: В целях оптимизации кадровой структуры Департамента, руководствуясь пунктом 25 Положения о Департаменте, утвержденного постановлением Администрации от 08.12.2024 № 25, внести изменения...

Сравнительный оборот может входить в состав сказуемого, а потому не обособляться. Здесь именно такой случай.

С формальной точки зрения запятая нужна, потому что после слова можно начинается деепричастный оборот, однако с точки зрения смысла она не требуется, потому что деепричастный оборот образует смысловой центр высказывания: в предложении делается акцент не на том, что посмотреть список можно, а на том, что для этого нужно сделать. Сравним примеры из примечания к параграфу 20.4 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, в частности: Жили Артамоновы ни с кем не знакомясь; Студенты приобретают знания не только слушая лекции, но и выполняя практические работы;  Писал он обычно наклонив голову и т. п.

Если вводное слово или вводное сочетание слов стоит в начале или в конце обособленного члена предложения, то оно не отделяется от него знаком препинания, то есть запятые выделяют член предложения вместе с вводным словом: Он брыкался, но уже менее активно, по-видимому решив, что сопротивление на данной стадии бессмысленно.

Функция сочетания и прежде всего аналогична функции сочетания и в том числе: оно начинает присоединительный оборот с конкретизирующим значением. Следовательно, корректно: ...нацелены на удовлетворение сиюминутных потребностей, и прежде всего физиологических потребностей в еде и питье.