Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Стилистически нейтрально и общеупотребительно: лебедем белым. Лебедь – существительное мужского рода. Только в народно-поэтической речи возможно употребление этого слова как существительного женского рода. Например, у А. Блока: За тобою живая ладья, Словно белая лебедь, плыла...

Несмотря на то что в документах, как и других текстах, следует соблюдать единообразие, от рисунка кавычек название не зависит. ООО «Рога и копыта» и ООО "Рога и копыта" — это одно и то же юридическое лицо.

Эта — указательное местоимение женского рода (эта девочка), а слово это может быть как указательным местоимением среднего рода (это окно), так и частицей: усилительной (Кто это пришёл?) или употребляющейся как связка (Музыка — это блаженство). 

В слове петербурженка суффикс -енк-. При добавлении к основе существительного мужского рода он образует существительное женского рода со значением лица женского пола: монах — монаш-енк-а; петербурж-ец — петербурж-енк-а (с усечением производящей основы); черкес — черкеш-енк-а.

В качестве общеупотребительной формы в обиходной письменной и особенно устной речи предпочтительна форма женского рода. Форма мужского рода используется в тех случаях, когда в контексте на первое место выдвигается сообщение о должности безотносительно к полу лица.

Со словом деревня имя собственное склоняется при совпадении рода обоих слов (т. е. если географическое название женского рода). Литературная норма: в деревне Полоной, в деревне Нежковке. В официально-деловой речи, в документах название останется в несклоняемой форме.