Контаминация значений или развитие производного значения — регулярная вещь. В данном случае из темпорального значения развивается качественное, поэтому законны оба вопроса. По значению словосочетание в любом случае обстоятельственное, темпорально-качественное.

Указанная в скобках запятая нужна: номер дома является уточнением по отношению к названию улицы.

Мы не выполняем домашние задания. 

В первом случае верны два варианта: 1) Уточни, работает ли корректно поиск в самой форме; 2) Уточни: работает ли корректно поиск в самой форме? Во втором — один вариант: Подскажи, пожалуйста: такой вариант не подойдет?

В первом предложении возможно двоякое понимание оборота с союзом как: если как сорняк = «в качестве сорняка», запятая не нужна; если как сорняк =  «так же, как это делает сорняк» (то есть имеет место сравнение), запятая нужна. Во втором предложении возможно только одно понимание оборота — как сравнительного и требующего обособления. 

Верен первый вариант: считать их со скоростью одна клетка в секунду.

В этом предложении обстоятельственный оборот с производным предлогом согласно рекомендуется обособить, чтобы показать его границы (далее следует еще одно обстоятельство): Договор вступает в силу, согласно п. 11.1, 11.2 Договора, со дня его подписания сторонами.

Если требуется именно такое название улицы, то верный вариант улица Набережная Москвы-реки.

Формы второго предложного падежа (местного падежа, или локатива) с окончанием -у имеют только некоторые существительные мужского рода второго склонения: о саде и в саду, о рае и в раю, о снеге и в снегу, но о сугробе и в сугробе, о сундуке и в сундуке и т. д. Но форма предложного падежа с окончанием -у для слова отпуск (в отпуску) тоже допустима, хотя не так распространена и имеет стилистические особенности (она разговорная). См. также наши ответы на вопросы № 263338 и 325842.

Верны варианты заплатить за кофе, оплатить кофе.