Ну может употребляться как междометие и как частица, при этом запятая ставится только после междометия ну и не ставится после частицы ну. Как различить междометие и частицу? Междометие ну выражает призыв, побуждение к осуществлению или прекращению каких-либо действий и получает самостоятельное интонационное оформление: Ну, тащися, сивка. Скорее пойдем, ну! Ну, за здоровье! Частица ну  обычно употребляется с усилительным значением и не получает интонационного выделения: Ну сколько можно повторять? Ну как, все в порядке? Ну и жара на улице! В приведенных Вами предложениях Ну(,) ты готов? Ну(,) вот мы и на месте в зависимости от интонации ну может выступать в роли частицы (и не отделяться запятой) и в роли междометия (и обособляться).

Если мы верно поняли смысл предложения, то знаки препинания в нем должны быть расставлены следующим образом: Дома, ты говоришь, никого нет или я ошибаюсь? Это сложное предложение состоит из трех простых. Запятыми выделяется предложение ты говоришь, связанное бессоюзной связью и стоящее внутри предложения дома никого нет. Предложения дома никого нет и я ошибаюсь связаны сочинительной связью, при помощи союза или. Запятая перед соединительными и разделительными союзами в сложносочиненном предложении не ставится, если в его состав входят вопросительные предложения (их объединяет вопросительная интонация): Который теперь час и сколько времени осталось до отхода поезда?; Когда состоится конференция и какова повестка дня?; Вы придёте ко мне или мне прийти к вам?

Согласны с Вами: стоит выбрать вариант Приказ тайных дел. Такой вариант соответствует общему правилу о написании названий организаций: с прописной буквы в них пишется первое слово и входящие в состав названия имена собственные. Ср. другие исторические наименования различных ведомств, зафиксированные в академическом орфографическом словаре, размещенном на ресурсе «Академос» Института русского языка им. В. В. Виноградова РАН:

Верхо́вный та́йный сове́т (в России, 1726–1730)
Вре́менное прави́тельство (в России, 1917)
Госуда́рственная ду́ма (в России, 1906–1917)
Прави́тельствующий сена́т (в России, 1711–1917)
Та́йная канцеля́рия (в России, XVIII в.)
Тре́тье отделе́ние (гос. учреждение в России, ист.)

В «Справочнике издателя и автора» А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой (М., 2014) есть такая рекомендация.

«В стихотворную цитату, набранную как проза внутри основного текста в подбор с ним, вводят для обозначения стихотворных строк одинарную или двойную косую черту либо одинарную или двойную вертикальную линейку на местах, где кончается одна стихотворная строка и начитается другая.

Знаки препинания перед таким знаком и прописную букву в начале строки после знака сохраняют» (§ 8.1.11).

Стихотворный текст, состоящий из двух и более строф, располагать внутри текста в подбор с ним нежелательно: цитату будет трудно воспринимать. Однако, если по каким-то причинам это необходимо сделать, можно использовать предложенный Вами прием. Он логичен и должен быть понятен читателю. 

В русском языке употребляются выражения ближняя стрельба и дальняя стрельба. Но следует иметь в виду, что они используются для обозначения разной по дистанции стрельбы. Понятие дистанции подразумевает и термин дальность стрельбы. В художественной речи понятие расстояния может иметь субъективное измерение: в непосредственной близости от человека или на большом расстоянии от него. В качестве иллюстрации приведем фрагмент из книги Владимира Виноградова «Наш Ближний Восток. Записки советского посла в Египте и Иране»: «С крыши посольского дома видно зарево в различных частях города, слышны взрывы и непрерывная стрельба — ближняя и дальняя — гулкие, как удары хлыста, очереди крупнокалиберных пулеметов, короткие и длинные строчки из автоматов, одиночные шлепки — пистолетные выстрелы». Найти в литературе цитаты, подтверждающие изложенную Вами интерпретацию, нам не удалось. 

Единого ответа на все случаи употребления производного предлога согласно дать невозможно. Обстоятельственные обороты с производными предлогами могут обособляться или не обособляться в зависимости от разных условий. Так, они обычно обособляются, если находятся не в начале и не в конце предложения, например (позволим себе немного перестроить исходное предложение): Начальнику...ФИО организовать, согласно плану, проведение работ. Здесь оборот с предлогом согласно близок к вводной конструкции, указывающей на источник информации.

В приведенном Вами примере сочетание находится в конце предложения. Такой порядок слов указывает на то, что важна не сама по себе организация проведения работ, а их организация согласно плану, то есть на обстоятельственный оборот падает логическое ударение. Значит, в данном случае запятая не нужна: Начальнику...ФИО организовать проведение работ согласно плану.

Согласимся с Вами: у прилагательного феерический есть положительная окраска. Сочетание его со словами, называющими нечто дурное, повышает экспрессивность отрицательной оценки. Похожее явление мы наблюдаем в разговорном выражении жутко красивый. В отличие от слова жутко слово феерический книжное, и этот оттенок значения делает возможным использование оборотов типа феерический идиотизм как яркого выразительного средства не только в разговорной речи, но и в публицистике, в художественной литературе. Приведем примеры: Но сказать, что он плохо учился, ― почти ничего не сказать. Он как-то сказочно, феерически плохо учился. Он попадал в каждую историю, которая случалась в школе и ее ближайших окрестностях (Ф. Искандер. Школьный вальс, или Энергия стыда [Старый дом под кипарисом]); И говорить ему об этом ― феерическая бестактность! (В. П. Катаев. Трава забвенья). 

Сочетание скажем так действительно может выступать в функции вводного, но только в том случае, если оно не связано никакими формальными средствами (например, союзами) с другими частями конструкции. Кроме того, это сочетание имеет особую семантику: говорящий с его помощью обозначает неточность выбранного им слова или выражения. В приведенном Вами примере ни структурный, ни семантический фактор не свидетельствует о том, что это вводное сочетание: от него зависит, как Вы верно заметили, придаточное (с союзом чтобы), а значение конструкции состоит в том, что говорящий объясняет выбор именно этого выражения (а не сигнализирует о его неточности). Можно рекомендовать оформить этот комментарий как вставку: Концовка фильма — скажем так, чтоб не спойлерить, — действительно напоминает творчество Шьямалана.

Корректность двух последних из приведенных Вами примеров (бессоюзного сложного и сложноподчиненного предложений) не вызывает сомнений. Что касается возможности употребления сочетания становится ясно в роли вводного, то она сомнительна. Важным формальным свойством вводных конструкций является отсутствие грамматической  связи с каким-либо членами или частями предложения, из чего следует ещё одно свойство — способность занимать в предложении любую позицию: начальную, срединную, конечную. Сочетание становится ясно едва ли возможно «передвигать» из начальной позиции в какую-то другую, сравним: ^?Чрезмерное потребление, становится ясно, духовно обедняет человека; ^?Чрезмерное потребление духовно обедняет человека, становится ясно. При этом, конечно, ничто не мешает выделить эту конструкцию в срединной позиции как вставку (такое возможно с любой частью предложения): Чрезмерное потребление — становится ясно — духовно обедняет человека.