Рекомендации не ошибочны. Действительно, наречие особенно обособления не требует (см. «Справочник по пунктуации»). В приведенном Вами вопросе убрать запятые не было предложено, потому что их постановка возможна: обстоятельства, выраженные наречиями (одиночными или в сочетании с зависимыми словами), могут обособляться с целью смыслового выделения или попутного пояснения. Таким образом, автор вправе поставить запятые, если хочет подчеркнуть слово особенно, обратить на него внимание читателя.

В бессоюзном сложном предложении пунктуация зависит от того, что подразумевает автор. Если в первой части содержится причина или условие второй (Вариантов нет, поэтому придется реагировать; Если вариантов нет, то придется реагировать), нужно тире (этот знак называется тире, не дефис!): Вариантов нет — придется реагировать. Если в первой части содержится следствие второй (Вариантов нет, потому что придется реагировать), нужно двоеточие: Вариантов нет: придется реагировать.

В данном случае пунктуация вариативна. Автор может сделать акцент на сочетании как птица, в этом случае синонимичном наречию по-птичьи (см. пункт г) параграфа 90 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина), а может поставить на первый план призыв летать (сравним вариант с парцелляцией: Летай! Как птица!), и тогда сочетание как птица окажется обычным сравнительным оборотом, обозначающим уподобление.

Вариативность связана с тем, что слово победа в значении 'победа в Великой Отечественной войне' может быть написано с прописной буквы. В ряде сочетаний написание с прописной необходимо, например: День Победы, Знамя Победы, Парад Победы, однако во многих случаях (в том числе в приведенном Вами примере) факультативно: не будет ошибкой ни написание с прописной, ни написание со строчной. Окончательное решение принимает автор текста.

Сочетание по крайней мере в значении «самое меньшее», «минимум», «хотя бы» (как в приведенном примере) не выделяется запятыми. Вместе с тем сочетание по крайней мере за то можно выделить как присоединительную конструкцию, если на слове простить автор хочет поставить логическое ударение: ...мы обязаны его простить, по крайней мере за то, что он был гением.

1. Верно: список не исчерпывающий (в данном случае подчеркивается отрицание, а не создается новое понятие).

2. Смысл этого сочетания не вполне ясен, но мы полагаем, что следует писать раздельно.

3. Если это заголовок, то правильно: Постановление Правительства РФ... В середине предложения правильно со строчной (наименования актов Правительства Российской Федерации пишутся со строчной буквы): согласно постановлению Правительства Российской Федерации... 

4. Запятая не требуется.

Верный вариант расстановки знаков препинания: Наша забота привела к тому, что дом построили вовремя и, что очень важно, он обошёлся недорого. Вводное предложение что очень важно (употребляется для подчеркивания значимости какого-либо факта) выделяется с двух сторон запятыми; перед союзом и не ставится запятая, поскольку он соединяет две однородные придаточные части, зависящие от слова тому (союз что перед второй из них не повторяется).

Глагол наблюдается больше подходит для описания процессов или явлений, требующих наблюдения или изучения, а в данном случае констатируется факт, и это можно выразить словами видно или заметно. Кроме того, предлог согласно употребляется при указании на то, с чем согласуется действие, соответствием чему оно определяется, что для констатациии факта также не подходит. Предложение можно переформулировать так: На рисунке видно (заметно), что ветвь проходит выше.

В этих случаях постановка запятых факультативна и зависит от того, что́ автор хочет акцентировать. Сравним подобные примеры, допускающие двоякое прочтение, в учебном пособии А. Ф. Прияткиной «Русский язык: Синтаксис осложненного предложения» (М., 1990): Это случилось в одной гористой местности (,) на юге Италии; На берегах этих рек (,) в глубоких норах (,) живут водяные крысы (с. 75).

См. также ответ на вопрос 318421.

Слово совсем может употребляться в двух значениях — подчеркивать утверждение и подчеркивать отрицание. Если совсем употребляется в значении 'совершенно, очень', то правильно слитное написание: совсем непонятно (= совершенно непонятно). Если же совсем употребляется в значении 'отнюдь, никоим образом', правильно раздельное написание: совсем не понятно (= отнюдь не понятно). 

Окончательное решение принимает автор текста. Написание зависит от контекста и от желания автора подчеркнуть утверждение или отрицание.