В нормативных правовых актах: Заместитель Председателя Правительства Российской Федерации.
Статья по политологии в журнале не является официальным документом, поэтому название должности следует писать со строчной буквы: президент РФ.
Словарь имён собственных
ОДОЕВСКИЙ Александр, Одоевского Александра (князь, поэт-декабрист)
ОДОЕВСКИЙ Владимир, Одоевского Владимира (князь, писатель, муз. критик)
ОДОЕВСКИЙ Никита, Одоевского Никиты (князь, гос. и воен. деятель, боярин)
Такого правила нет. Некоторые наименования, включающие слово суд, зафиксированы в академическом словаре:
суд, суда́
Верхо́вный су́д РФ
Вы́сший арбитра́жный су́д РФ
Европе́йский су́д по права́м челове́ка
Кассацио́нный су́д (высшая судебная инстанция в нек-рых странах)
Конституцио́нный су́д РФ
Линч, -а: су́д Ли́нча
Междунаро́дный су́д (в Гааге)
под су́д (отда́ть)
пока́ су́д да де́ло
Стра́сбургский су́д
Стра́шный су́д (библ.)
су́д да де́ло: пока́ су́д да де́ло
шемя́кин су́д, шемя́кина суда́
Верно: Минобрнауки РФ (не склоняется).
Запятая перед вроде не требуется.
Пунктуация корректна.
Запятая после скобок нужна.
Названия должностей, званий, титулов пишутся со строчной буквы, напр.: президент, канцлер, председатель, министр, премьер-министр, заместитель министра, мэр, император, королева, хан, шейх, генеральный секретарь, заслуженный деятель культуры, лауреат Нобелевской премии, посол, атташе, директор, генеральный директор, академик, доктор наук, профессор, член-корреспондент, генерал-майор, командующий войсками, руководитель департамента, заведующий отделом, управляющий делами. В официальных текстах названия высших государственных должностей и титулов пишутся с прописной буквы, напр.: Президент Российской Федерации, Председатель Правительства РФ.
Правило процитировано из справочника "Правила русской орфографии и пунктуации" под ред. В. В. Лопатина.
Оснований для постановки запятой нет.