Ещё как смущает! Сразу вспоминаем выражение испанский стыд — о чувстве смущения, неловкости, которое возникает, когда наблюдаешь неприличное или нелепое поведение другого человека. 

См. словарные определения: 

Большой толковый словарь русского языка

ПРОПИСНОЙ, -ая, -ое. 1. Отличающийся большей высотой (иногда и начертанием) от строчной буквы. П-ая буква Т. Начинать предложение с п. буквы. 

На Ваш вопрос нельзя дать короткий ответ. Союз потому что может использоваться по-разному: он может расчленяться и не расчленяться, он может начинать одну придаточную часть и стоять в начале двух однородных придаточных частей сложноподчиненного предложения. Описывая все разнообразие ситуаций, придется перечислить практически все правила постановки знаков препинания в сложноподчиненном предложении, поэтому мы рекомендуем Вам обратиться к правилам. 

Если приведенная Вами фраза – часть сложного предложения, присоединяемая союзом в связи с чем (..., в связи с чем прошу Вас...), то запятую надо ставить перед союзом. Если же это самостоятельное предложение, то вместо В связи с чем лучше сказать В связи с этим (нехорошо начинать предложение со слов в связи с чем). Запятые в этом предложении не нужны.

Дело в том, что в число "названий учебных заведений" входят разные типы наименований. Некоторые из них требуется писать (вернее, начинать) с прописной буквы - например, полные и краткие официальные названия высших учебных заведений: Московский государственный университет. В названиях общеобразовательных школ с прописной буквы пишутся только заключаемые в кавычки элементы условного наименования: средняя школа "Лига школ", школа "Интеллектуал" и т. д.

Нет оснований начинать слово нефтяников с прописной буквы: В клубе нефтяников мне тоже пришлось задержаться... (если имеется в виду некий клуб, в котором собираются нефтяники или который принадлежит им). Если имеется в виду клуб с таким условным названием, то оно заключается в кавычки и с прописной буквы начинается его первое слово: В «Клубе нефтяников» мне тоже пришлось задержаться...

При решении вопроса о корректности написаний нужно учитывать официальное название организации. Если это Городское общество инвалидов, то правильно писать: члены Городского общества инвалидов. В других вариантах название пишется со строчной буквы: председатель общества инвалидов. Соответственно, если официальное название другое, например N-ская городская организация N-ской областной региональной организации общероссийской общественной организации «Всероссийское общество инвалидов», то и сочетание городское общество инвалидов нет оснований начинать с прописной буквы.

Текст подстрочного примечания, как правило, не согласуется с формой поясняемого текста – ведущее слово независимо от падежа поясняемого слова ставят в именительном падеже. Текст примечания, как самостоятельное предложение, необходимо начинать с прописной буквы и в конце ставить точку. Обязательного требования повторять поясняемое слово в тексте примечания нет, но для полноты примечания это имеет смысл сделать. Итак, правильно:

На гаке* было 5 барж.

Во всех приведенных вами предложениях слова автора следует начинать с прописной буквы, поскольку все они образуют отдельное предложение. В последнем предложении (если это одно предложение) пропущена запятая: Зачем так официально — «Наталья Борисовна!», «Наташа» вполне подойдёт. Но лучше разделить это предложение на два: Зачем так официально — «Наталья Борисовна!»? «Наташа» вполне подойдёт. Необходимость постановки восклицательного знака вызывает сомнения.

Правильно: зачат.

Пунктуация при «встрече» присоединительного союза также и подчинительного союза (например, если) в начале предложения не описана в справочниках, и это не случайно: предложение вообще не рекомендуется начинать со слова также, о чем подробно можно прочитать в статье В. В. Кавериной. Если убрать это слово, смысл не пострадает: Если вы будете пить кофе, возьмите воды с лимоном. Если же по каким-либо причинам предложение редактировать нельзя (например, нужно дословно записать сказанные кем-то слова), то указанную запятую рекомендуем поставить.